прошёл на Черноморском флоте. Командовал звеном, с августа 1942 — отрядом, с сентября 1942 — дивизионом торпедных катеров 1-й бригады торпедных катеров Черноморского флота. Участвовал в обороне Одессы, в обороне Севастополя, в Керченско- Феодосийской десантной операции, в битве за Кавказ, в Новороссийско-Таманской, Керченско- Эльтигенской десантной, Крымской, Ясско-Кишинёвской наступательных операция.
К маю 1945 года лично совершил 156 боевых походов. Дивизион Котова совершал нападения на базы и коммуникации противника, отконвоировал 198 транспортов, нёс дозоры, проводил минные постановки (выставлено ок. 200 морских мин), высаживал десанты. Моряки дивизиона спасли в море около 350 человек, потопили 2 транспорта, 4 десантные баржи, 1 сторожевой катер и сбили 3 вражеских самолёта[1]. при его личном участии при набеге на Двуякорную бухту была потоплена баржа с немецкими танками в 1942 году. Котов высаживал десант на «Малой земле» и затем под огнём обеспечивал его снабжение боеприпасами и продовольствием. В сентябре 1943 года его катера одни из первых ворвались в Цемесскую бухту во время Новороссийской десантной операции. Неоднократно вёл морские бои с немецкими кораблями.
В Великую Отечественную войну