12 апреля 2011 г. Факультет Биоинженерии и Биоинформатики, 2 курс, весенний семестр Функции Мембранные белки. Транспортные белки.

Февраль 16, 2021

Главная
Разное
12 апреля 2011 г. Факультет Биоинженерии и Биоинформатики, 2 курс, весенний семестр Функции Мембранные белки. Транспортные белки.

Содержание

2. Что необходимо, чтобы белок мог находиться внутри липидного бислоя? Липидный бислой цитоплазма межклеточное пространство
3. Терминология связаны с поверхностью липидного бислоя электростатическими силами Мембранные белки интегральные периферические политопические монотопические трансмембранные белки
4. Решение #1: альфа-спираль водородные связи i+4 -> i
5. Примеры: BACTERIORHODOPSIN Одиночная α-спираль или несколько спиралей (> 90% of TM белков) ATP SYNTHASE
6. Решение #2: Beta-barrel
7. Примеры: PDB = 1EK9, from ESCHERICHIA COLI PDB = 2POR, PORINE Beta barrels – внешняя мембрана
8. Общая топология TM белков
9. Правило von Heijne “the positive-inside rule”
10. Шкала гидрофобности
11. http://www.tcdb.org/ Transporter Classification Database
12. V.W.X.Y.Z
13. V (число ) – класс транспортера: W (буква) - подкласс; для активных транспортеров определяет источник энергии
14. Активный транспорт Использует АТФ Superfamily: The ATP-binding Cassette (ABC) транспортирует мальтозу Пример: белок MALF_ECOLI, TC 3.A.1.1.1
15. http://opm.phar.umich.edu/ Ориентация белка определяется минимизацией энергии ΔGtransfer, с учетом параметров d, z0, Θ и φ в
16. В чем проблема? От 15% до 30% от общего числа белков — белки с хотя бы
17. По профилю гидрофобности C учетом TMHMM (предсказание TM α-спиралей) для β-баррелей – отдельный подход (например, PRED-TMBB)
18. Как оценить качество паттерна или профиля? Или как оценить качество предсказания?
19. Ошибки первого рода (FP): отвергается нулевая гипотеза, а она соответствует действительности. Ошибки второго рода (FN): принимается
21. Скачать презентацию

Слайд 2

Что необходимо, чтобы белок мог находиться внутри липидного бислоя?
Липидный бислой
цитоплазма
межклеточное пространство

Что необходимо, чтобы белок мог находиться внутри липидного бислоя? Липидный бислой цитоплазма межклеточное пространство

Слайд 3

Терминология
связаны с поверхностью липидного бислоя электростатическими силами
Мембранные белки
интегральные
периферические
политопические
монотопические
трансмембранные белки
(TM)

Терминология связаны с поверхностью липидного бислоя электростатическими силами Мембранные белки интегральные периферические

Слайд 4

Решение #1: альфа-спираль
водородные связи i+4 -> i

Решение #1: альфа-спираль водородные связи i+4 -> i

Слайд 5

Примеры:
BACTERIORHODOPSIN
Одиночная α-спираль или несколько спиралей
(> 90% of TM белков)
ATP SYNTHASE

Примеры: BACTERIORHODOPSIN Одиночная α-спираль или несколько спиралей (> 90% of TM белков) ATP SYNTHASE

Слайд 6

Решение #2: Beta-barrel

Решение #2: Beta-barrel

Слайд 7

Примеры:
PDB = 1EK9, from ESCHERICHIA COLI
PDB = 2POR, PORINE
Beta barrels – внешняя

Примеры: PDB = 1EK9, from ESCHERICHIA COLI PDB = 2POR, PORINE Beta

мембрана грамотрицательных бактерий,
а также мембраны митохондрий и хлоропластов

Слайд 8

Общая топология TM белков

Общая топология TM белков

Слайд 9

Правило von Heijne “the positive-inside rule”

Правило von Heijne “the positive-inside rule”

Слайд 10

Шкала гидрофобности

Шкала гидрофобности

Слайд 11

http://www.tcdb.org/
Transporter Classification Database

http://www.tcdb.org/ Transporter Classification Database

Слайд 12

V.W.X.Y.Z

V.W.X.Y.Z

Слайд 13

V (число ) – класс транспортера:
W (буква) - подкласс; для активных транспортеров

V (число ) – класс транспортера: W (буква) - подкласс; для активных

определяет источник энергии
X (число) - семейство белков (иногда – суперсемейство, т.е. сходство последовательностей недостоверное, но структурно белки сходы)
Y (число) - подсемейство
Z - определяет специфичность транспортируемых веществ

Категории классификации TC

Слайд 14

Активный транспорт
Использует АТФ
Superfamily: The ATP-binding Cassette (ABC)
транспортирует мальтозу
Пример: белок MALF_ECOLI, TC

Активный транспорт Использует АТФ Superfamily: The ATP-binding Cassette (ABC) транспортирует мальтозу Пример: белок MALF_ECOLI, TC 3.A.1.1.1

3.A.1.1.1

Слайд 15

http://opm.phar.umich.edu/
Ориентация белка определяется минимизацией энергии
ΔGtransfer, с учетом параметров d, z0, Θ и φ в системе

http://opm.phar.umich.edu/ Ориентация белка определяется минимизацией энергии ΔGtransfer, с учетом параметров d, z0,

координат, в которой ось Z совпадает с нормалью бислоя

Слайд 16

В чем проблема?
От 15% до 30%
от общего числа белков
— белки
с

В чем проблема? От 15% до 30% от общего числа белков —

хотя бы одной
трансмембранной спиралью

Всего ≈72244
белковых структур.
Мембранных - 279 (0.39% ),
2011

Слайд 17

По профилю гидрофобности
C учетом TMHMM (предсказание TM α-спиралей)
для β-баррелей – отдельный подход

По профилю гидрофобности C учетом TMHMM (предсказание TM α-спиралей) для β-баррелей –

(например, PRED-TMBB)
По 3D структуре гомолога
По множественному выравниванию

Способы предсказания трансмембранных участков

Слайд 18

Как оценить качество паттерна или профиля? Или как оценить качество предсказания?

Как оценить качество паттерна или профиля? Или как оценить качество предсказания?

Слайд 19

Ошибки первого рода (FP): отвергается нулевая гипотеза, а она соответствует действительности.
Ошибки

Ошибки первого рода (FP): отвергается нулевая гипотеза, а она соответствует действительности. Ошибки

второго рода (FN): принимается нулевая гипотеза, а она не верна.
Ошибки третьего рода: справедливо отвергнута нулевая гипотеза на основе неверных соображений.

Ошибки……