Вернулась к власти в1980 году. Второй срок её правления был отмечен конфликтом с сикхами, проживавшими, в основном, в штате Пенджаб. Лидер сикхов Джарнаил Сингх Бхиндранвал объявил сикхов независимой самоуправляемой общиной. Его последователи также были причастны к нападениям на индуистов в Пенджабе. Они заняли главную святыню сикхов — Золотой храм в Амритсаре. В ответ индийское правительство в июне 1984 года провело войсковую операцию «Голубая звезда», в ходе которой храм был освобождён, при этом погибло 500 человек.
Месть сикхов не заставила себя долго ждать — 31 октября 1984 Индира Ганди была убита собственными телохранителями, которые были сикхами.
Существует мнение что последней каплей, которая толкнула сикхов на этот поступок, стал тот факт, что по приказу Индиры Ганди в Амритсар пустили танки, которые переехали священную книгу cикхов — Ади Грантх.