Molbiol_1_MV_08

Молекулярная биология
наука об информационных процессах в клетке, протекающих на молекулярном уровне

Потенциальное разнообразие белков огромно – 20n,
где n – длина цепочки (в среднем 300 а.к.)
Каждый организм синтезирует лишь малую часть из этого многообразия –
белки с определенной первичной последовательностью
Откуда он знает – какие?

вся информация о строении клеток и организма в целом, записанная в молекулах ДНК
Необходима для синтеза всех НЕрегулярных полимеров
Генетическая информация

Матричный
Усиления в результате многократного копирования
Принципы передачи информации

Вспомним сначала, что нужно для синтеза регулярного полимера – например, полисахарида:
А
А
А
А
+
мономеры фермент
АТФ
А

1. Матричный принцип
Что нужно для синтеза НЕрегулярного полимера?
А
Т
Т
Ц
+
Все то же самое + информация
?
Кто отвечает на вопрос?

Молекула-матрица
Молекула, у которой фермент «спрашивает» какой мономер ставить на следующее место в цепи
Ответ – в последовательности мономеров матрицы
Вывод:
Матрица сама должна быть
НЕрегулярным полимером!

Николай Константинович Кольцов
1872-1940
1927
Идея о молекулах-матрицах

Генонема
Рисунок Н.К. Кольцова
Кольцов считал, что матрицами могут быть белки.
О ДНК тогда знали мало и полагали ее простой по строению молекулой.

1952
Окончательно доказано, что носитель наследственной информации – ДНК (Херши, Чейз)
ДНК – матрица
Но она находится в ядре, а белки синтезируются в цитоплазме

Центральная догма
ДНК
РНК
белок
Матрицами могут быть только нуклеиновые кислоты

ДНК
РНК
белок
Матричные синтезы, разрешенные по центральной догме
Не обнаружен

Центральная догма
ДНК
РНК
белок
Репликация
Транскрипция
Трансляция
Обратная
транскрипция
Репликация
РНК
Только РНК-вирусы
Ретро-РНК-вирусы
Другие организмы тоже получили от них этот фермент и используют в некоторых случаях

Запрещенные
матричные синтезы
Белки никогда не бывают матрицами

По матричному принципу синтезируются все нерегулярные полимеры: ДНК, РНК, белки.
Но матрицами могут быть только нуклеиновые кислоты.

Второй принцип матричных синтезов – принцип усиления
В ходе копирования информации становится больше
Зигота
Развитие многокле-
точного организма
Миллиарды копий ДНК
1 ген (участок ДНК) в клетке
Транскрипция
Миллионы молекул одного белка
тысячи РНК – копий одного гена
Трансляция
ДНК одной клетки
Репликация ДНК

Из-за принципа усиления изменения в молекуле ДНК реализуются на макроуровне
Зигота
Развитие многокле-
точного организма
Все клетки копируют мутацию
Ген с мутацией в каждой клетке
Транскрипция
Все молекулы данного белка будут измененными
РНК
Трансляция
Содержит мутацию в ДНК
Репликация ДНК

Репликация ДНК

Универсальный биологический процесс передачи генетической информации в поколениях клеток и организмов, благодаря созданию точных копий ДНК.
ДНК – единственная молекула клетки, способная к самоудвоению.

Место репликации в клеточном цикле
Репликация ДНК всегда предшествует делению клетки.
Репликация
S-период
(Synthesis)
Интерфаза
Деление
Каждая дочерняя клетка получает точную копию всей ДНК

Принципы репликации
1. Комплементарность
2. Антипараллельность
3. Полуконсервативность
4. Униполярность
5. Прерывистость
6. Потребность в затравке

Полуконсервативность
Полуконсервативный
Консервативный
Дисперсионный

Репликон – расстояние между двумя сайтами начала репликации ori ~ 100 тыс. н.п.
У прокариот вся кольцевая молекула – один репликон
Прерывистость репликации

Прерывистость репликации
ДНК одной хромосомы
ori
ori
Репликативные вилки

Прерывистость репликации
ДНК одной хромосомы
ori
3'
5'
3'
5'
5'
5'
3'
3'
Противоречие с принципом униполярности – расти может только 3' конец !
?
?

Репликативная вилка
Униполярность:
Растущий конец новой цепочки – всегда 3'
3'
5'
3'
3'
Запаздывающая цепь
Лидирующая цепь
Направление движения вилки
Фрагменты Оказаки

Молекулярные машины
Комплекс белков и ферментов, действующих согласованно
Реплисома
Рибосома
Сплайсосома
Протеасома
Примеры
молекулярных машин

Молекулярная машина репликации

1. Геликазы раскручивают двойную спираль

ДНК-
полимераза
праймаза
Праймер
РНК
2. Праймаза синтезирует РНК-затравку (праймер)

Удаление праймера
3. ДНК-полимераза III синтезирует новую цепь ДНК
4. ДНК-полимераза I удаляет праймер и заделывает брешь
5. Лигаза – сшивает концы.

ДНК-полимераза использует нуклеотиды в виде 5' трифосфатов
Растущий 3‘ конец цепочки
Дезокси-нуклеотид трифосфат
5'
3'
5'
3'

Свойства ДНК-полимеразы
1. Присоединяет по одному нуклеотиду с 3‘ конца растущей цепочки.
2. Требует для начала работы спаренного 3‘ конца.
3. Отщепляет один нуклеотид назад, если он не спарен – т.е. исправляет свои ошибки.
Логически связанные свойства !
3'

ДНК-полимераза исправляет ошибки
Если новый нуклеотид не спарен – фермент не может двигаться дальше.
Тогда он выедает неверный нуклеотид и ставит другой.

Скорость репликации ДНК
У прокариот – 1000 нуклеотидов /сек
У эукариот – 100 нуклеотидов /сек
(медленнее, потому что ДНК сложно упакована – нуклеосомы и другие уровни упаковки)

Выводы по репликации ДНК
В результате репликации каждая дочерняя клетка получает точную копию всей ДНК содержавшейся в материнской клетке.
ДНК всех клеток одного организма – одинаковая, как по количеству молекул, т.е. хромосом, так и по их нуклеотидному составу.

Мутации
и
системы репарации

Частота ошибок ДНК-полимеразы ~1٠10– 9
– 1 нуклеотид на миллиард.
Мутации – это случайные наследуемые изменения последовательности ДНК клетки.
Возникают как ошибки в нормальных клеточных процессах.
Эти процессы имеют высокую точность – но не абсолютную.

Спонтанный уровень (внутренние причины мутаций):
Ошибки репликации
Ошибки деления клеток
Перемещение мобильных элементов
Мутагены – факторы среды, повышающие спонтанную частоту мутаций:
Химические вещества
Радиация
Вирусы

Системы репарации
Белки, которые исправляют ошибки и повреждения в ДНК.
Дефекты этих систем ведут к тяжелым заболеваниям.
Пигментная ксеродерма – дефект системы репарации УФ-повреждений

Основные понятия по теме «Репликация»
Место репликации в клеточном цикле
Принципы репликации
Лидирующая и запаздывающая цепи
Состав ДНК клеток одного организма
Мутации как следствие ошибок в нормальных процессах. Спонтанный уровень мутаций – естественное явление, он неизбежен.

Теломеры
и
теломераза
Дополнение к теме

Проблема укорочения концов у линейных ДНК
Сформулирована – А.М. Оловников, 1971
При каждой репликации новые цепи должны укорачиваться с 5‘ концов
Почему? – Там выедается РНК-затравка, а достроить брешь ДНК-полимераза не может – нет спаренного конца.
При каждом делении хромосома теряет 50 н.п. на концах – теломерах.

Адрес рисунка http://www.uic.edu/classes/bios/bios100/f06pm/lect10.htm

Гипотеза Оловникова
Укорочение концов – это внутренние часы, отмеряющие время жизни многоклеточного организма – число отпущенных ему делений, начиная с зиготы.
Как только теломеры «закончатся» – клетка больше не делится и погибает.

Но почему тогда клетки зародышевой линии делятся бесконечно?
Оловников: должен существовать механизм удлинения концов хромосом.
Теломераза – фермент, надстраивающий концы хромосом. Грейдер, Блакберн, 1985
содержит РНК длиной 150 нуклеотидов и осуществляет обратную транскрипцию
Теломераза и обратная транскриптаза – родственные белки, гомологичные по структуре и топологии.

Теломераза
фермент, надстраивающий концы хромосом, содержит РНК.
удлинение происходит путем
обратной транскрипции:
РНК → ДНК
На концах хромосом находятся длинные некодирующие повторы 5’ – ГГТ ТАГ – 3’
10-15 тысяч н.п. у человека

Теломераза активна в клетках
зародышевого пути
эмбриональных
стволовых
раковых – поэтому они бессмертны
Теломераза неактивна
в соматических клетках – ген для нее там, конечно же, есть, но выключен