Протеомика

В широком смысле под протеомом подразумевают полный набор белков, которые могут быть синтезированы в течение всей жизни клетки.
Термин «протеомика» (от протеин и геномика) появился в научной печати в 1995 г. для определения направления биологической науки, которое посвящено изучению протеома.
англ. PROTEOME: entire PROTEin complement expressed by genOME
В узком смысле – это совокупность белков, которые экспрессируются геномом данной клетки в определенный момент времени.
Число белков в одной клетке:
Высокоэкспрессируемые: 105 – 106
Умеренно экспрессируемые: 103 – 104
Слабоэкспрессируемые: 101 – 102

В отличие от биохимии и иммунохимии, которые ориентированы на последовательное изучение отдельных белков, в протеомике используется системный подход и учитывается параллельно весь спектр белков, составляющих определенную систему и характеризующих исследуемый организм в целом.
Химия белка vs Протеомика
Индивидуальный белок Сложная смесь
Полная последовательность Частичная последовательность
Структура и функция Идентификация
Структурная биология Системная биология

Иммуноблоттинг (или Вестерн-блоттинг, англ. Western-blotting)
Иммуноферментный анализ (ИФА, англ. enzyme-linked immunosorbent assay, ELISA)
2D-PAGE электрофорез + Масс-спектрометрия + биоинформатика
Химия белка vs Протеомика
Традиционные методы, используемые в областях

Почему надо исследовать протеом?
белки обладают разнообразными пространственными структурами, которые на сегодняшний день нельзя определить по линейным последовательностям нуклеотидов и даже аминокислот.
в процессе геномных исследований были выявлены многие новые гены, кодирующие белки с неизвестными функциями;
нет корреляции между наборами мРНК и белков;
модификации белков не могут быть выведены из нуклеотидной последовательности;
каждая клетка, каждая ткань, каждая биологическая жидкость имеют собственный спектр белков, или, так называемую, протеомную карту, которая меняется в соответствии с состоянием клетки.
многие заболевания могут быть прослежены до изменений, происходящих на уровне белков, а до 96 % лекарственных средств воздействуют именно на белки.

От генома к протеому
После геномики и транскриптомики, протеомика — следующий шаг в изучении биологических систем. Протеомика объективно сложнее геномики, так как геном организма в большинстве случаев не меняется в ходе жизни, но совокупность всех его белков изменяется постоянно.

В 2001 г. Международный консорциум ученых, политиков и бизнесменов создал организацию HUPO (Human Proteom Organization), которая руководит международным проектом «Протеом человека». (http://www.hupo.org/)
В отличие от предыдущего проекта HUGO (Human Genome Organization) – проект HUPO не имеет четко обозначенных сроков.

Цель и задачи протеомики
Конечная цель протеомики – установление и характеристика
полного набора белков данного организма, в первую очередь
создание атласа белков человека (англ. HPA, Human Protein Atlas).
идентификация белков клеток, тканей, биологических жидкостей организма;
определение структуры белков;
установление функциональных свойств белков;
исследование взаимосвязи структуры и функции белков;
выяснение механизмов регуляции активности белков;
изучение межбелковых взаимодействий (совокупность всех биологически значимых взаимодействий белков в клетке называют интерактомом);
выяснение специфики изменений протеома при заболеваниях;
выявление белков – мишеней, на которые направлено действие лекарственного средства.
Основные задачи протеомики:

Структурная протеомика – занимается инвентаризацией белков, их пространственной структурой и пострансляционными модификациями;
Основные направления в протеомике
Функциональная протеомика – изучает функции и свойства белков, взаимодействия белков между собой, взаимодействие структуры и функции;
Практическая (экспрессионная) протеомика – изучает уровни экспрессии белков в норме и патологии, ориентирована на создание новых лекарственных препаратов, в которых молекулярными мишенями будут служить те или иные белки.

Общие подходы к получению информации о молекулах белков и их взаимодействиях:
1. Биоинформатический (in silico)
Первый международный белковый информационный ресурс – Protein Information Resource, PIR (http://pir.georgetown.edu/) – был создан в 1984 г.
Первый Атлас белковых последовательностей и структур (Atlas of Protein Sequence and Structure) выпускался в 1965-78 гг. под редакцией Маргарет О. Дэйхофф.
В 1971 г. основана база данных макромолекулярных биологических объектов – Protein Data Bank (PDB – http://www.rcsb.org/pdb, или проще http://www.pdb.org).
Высокопроизводительное изучение белков стало возможным только в постгеномную эпоху, то есть при наличии известных нуклеотидных последовательностей геномов разных организмов.

Европейская лаборатория молекулярной биологии (EMBL, European Molecular Biology Laboratory, отдел EBI) http://www.embl.de/
Основные центры протеомной биоинформатики
Швейцарский институт биоинформатики (SIB, Swiss Institute of Bioinformatic) http://www.isb-sib.ch/
Европейский институт биоинформатики (EBI, European Bioinformatics Institute) http://www.ebi.ac.uk/
Мюнхенский информационный центр белковых последовательностей (MIPS, Munich Information Center for Protein Sequence) http://mips.helmholtz-muenchen.de
Японская международная база белковых данных (JIPID, Japan International Protein Information Database) http://www.ddbj.nig.ac.jp
Национальный центр биотехнологической информации (NCBI, National Center for Biotechnology Information) http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

UniProt (Universal Protein Resource) — Всемирная база данных белковых последовательностей и функций создана в 2002 г. (http://www.uniprot.org/)
UniProt – самый полный в мире каталог информации о белках. Статистические данные можно найти на сайте: http://web.expasy.org/docs/relnotes/relstat.html.

Программное обеспечение работ с протеомными базами данных позволяет достаточно быстро и эффективно:
делать заключения на основе выравнивания последовательностей белков об их эволюционном происхождении
транслировать нуклеотидную последовательность (ДНК/РНК) в последовательность аминокислот белка;
вычислять физико-химические параметры белка, исходя только из аминокислотной последовательности;
предсказывать продукты расщепления протеазами; предсказывать гидрофобные, гидрофильные участки: например, трансмембранные сегменты; посттрансляционные модификации (PTM); мотивы и функциональные домены;
определять принадлежность белка к функциональным семействам;
и многое другое.

Доступ к научным базам данных и программное обеспечение (т. е. ресурсы) в различных областях науки о жизни, включая протеомику, можно получить на Биоинформационном портале ресурсов (SIB, Bioinformatics Resource Portal) ExPASy (http://www.expasy.org/proteomics).

Динамика поступления сведений о белковых структурах в PDB (http://www.pdb.org/pdb/static.do?p=general_information/pdb_statistics/index.html)
Темпы экспериментально доказательной характеристики открытых белков сильно отстают от темпов открытия новых последовательностей, осуществляемых путём предсказания на основе вычислительных методов.

Широкий спектр методов: разные виды электрофореза, хроматографии, масс-спектрометрии, криоэлектронной и конфокальной микроскопии, методы иммунохимического, рентгеноструктурного и ядерного магнитного резонанса (ЯМР-спектроскопии), микрочиповые технологии, биосенсорные технологии и многие другие.
Новые технологии после завершения международного проекта «Геном человека» принято называть постгеномными.
2. Экспериментальный (in vivo и in vitro):
Общие подходы к получению информации о молекулах белков и их взаимодействиях:

Структурная протеомика
5) определение посттрансляционных модификаций и внутримолекулярной динамики белков (вторичной и третичной структур).
Цель — идентификация полного набора белков организма и установление их структуры.
Конкретные задачи:
1) выделение и очистка белков протеома;
2) определение количества того или иного белка в образце;
3) идентификация белков протеома;
4) уточнение их первичной структуры;

Выделение белков протеома (пробоподготовка)
требует проведения следующих операций:
– разрушение первоначальной структуры биологического материала;
– предотвращение любой ложной деградации аналита (т. е. белков);
– удаление веществ, которые могут препятствовать дальнейшей обработке образца, например, разделению белков, химической маркировке или контролируемому перевару (расщеплению ферментами);
– поддержание белков в растворенном состоянии в условиях и средах, соответствующих дальнейшей обработке.
Процесс пробоподготовки является критическим для качества конечного результата протеомного анализа и зависит от многих параметров.

2. Разделение белков протеома
Для задач протеомики наиболее адекватными из всех методов разделения белков оказались:
а) двумерный денатурирующий электрофорез в полиакриламидном геле (англ. 2D-PAGE, 2-Dimension PolyAcrylamide Gel Electrophoresis) и
Схема 2D-PAGE электрофореза: (А), методы окраски гелей и количественный анализ 2D-электрофореграмм;
(Б): 1 – окраска Кумасси голубым (чувствительность ≈ 50 нг/пятно); 2 – окраска серебром, совместимая с масс-спектрометрией (чувствительность ≈ 1 нг/пятно); 3 – флуоресцентная метка Cy3/Cy5 (чувствительность ≈ 0,5 нг/пятно).
1 2 3

и высокоэффективная жидкостная хроматография (ВЭЖХ, англ. HPLC, High performance liquid chromatography).
Жидкостная элюентная хроматография. А – блок-схема основных узлов жидкостного хроматографа; Б – принцип разделения молекул смеси в жидкостном хроматографе; В – пример хроматограммы.
Блок-схема современного автоматизированного жидкостного хроматографа
А

3.Определение первичной структуры и идентификация белков
б) Первичную последовательность белков можно определять, пользуясь результатами геномики и биоинформатики.
а) Протеомика, основанная на масс-спектрометрии (MS-based proteomics):
Масс-спектрометрия (масс-спектральный анализ) – это физический метод анализа вещества путем измерения отношения массы к заряду (m/z) ионов, получаемых при ионизации исследуемого вещества, и определения относительного количества ионов со специфическим значением этого отношения.
Измерение белка
Измерение пептидов
Измерение фрагментов
Диапазон измеряемых масс принято указывать в атомных единицах массы [1 а.е.м. = 1 Д (дальтон) = 1,660538921(73) х 10-27 кг]

Типичная процедура масс-спектрометрии включает три процесса:
Принципиальная схема масс-спектрометра –
вакуумного прибора, использующего физические законы движения заряженных частиц в магнитных и электрических полях.
ионизацию молекул,
разделение ионов по массам и
детектирование ионов.
Масс-спектрометрия, МС (англ.MS)

Матричная лазерная десорбция/ионизация (англ. MALDI, Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization)
Электрораспылительная ионизация, или «электроспрей» (англ. ESI, electrospray ionization)
Методы ионизации
1. MALDI
2. ESI
Положительные: - захват протона либо другого катиона (Na, K);
- потеря электрона (катион-радикал).
Отрицательные: - утрата протона;
- захват электрона.
Типы ионов

Типы масс-анализаторов
Анализатор ионно-циклотронного резонанса с Фурье-преобразованием (ИЦР ПФ, англ. FTICR MS, Fourier-transform ion cyclotron resonance mass-analyzer)
1. Времяпролетные (TOF)
2. Квадрупольные (Q)
3. Ионные ловушки (IT)
4. Ионно-циклотронного резонанса (ICR-FT)
Молекулярная масса ионов определяется
по их поведению в электрических и/или магнитных полях.
Магнитный анализатор
Квадрупольный анализатор
Ионная ловушка

Типы детекторов
Многоканальные
пластины (MCP)
Диноды
Магнит (ICR-FT)
Схема многоканальной пластины (МКП, англ. MCP)
Схема действия электронного умножителя (ЭУ)

MALDI-TOF (Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization -Time-Of-Flight ) - матричная лазерная десорбция/ионизация → времяпролетный масс-анализатор;
ESI-MS/MS (Electro Spray Ionization – tandem MS) -электрораспылительная ионизация или электроспрей → тандемная масс-спектрометрия;
2DLC-ESI-MS/MS - двумерная микроколоночная ВЭЖХ → ионизация в электроспрее → тандемная масс-спектрометрия.
Применяемые технологии масс-спектрометрии

Гибридный масс-анализатор Orbitrap 3
Орбитальная ионная ловушка
https://www.youtube.com/watch?v=RsFsaCkVqxM

Важные параметры масс-спектрометров
Чувствительность – какой величины ионы могут быть обнаружены;
Разрешение – как хорошо различные массы могут быть определены;
Точность – насколько воспроизводимы и точны измеряемые массы.
Разрешение масс-спектрометра (R) – это возможность получать на данном приборе раздельный сигнал от двух ионов с массами
m и (m+∆m)
В зависимости от глубины ложбины между двумя соседними пиками принято говорить о разрешении на уровне 10% от высоты пиков для магнитных приборов и 50% - для квадрупольных.

Принцип масс-спектрометрии
Моноизотопные массы
аминокислотных остатков
пептидная
связь
аминокислотный
остаток
Трипсин K-X и R-X, за исключением, когда X=P
Эндопротеаза Lys-C K-X, за исключением, когда X=P
Эндопротеаза Arg-C R-X, за исключением, когда X=P
Эндопротеаза Asp-N X-D
Эндопротеаза Glu-C E-X, за исключением, когда X=P
Химотрипсин X-L, X-F, X-Y и X-W
Цианоген бромид X-M
Ферменты для протеомного анализа

Типичные данные MALDI-TOF

Тандемная масс-спектрометрия
Первая МС: «селекция» родительского иона
Вторая МС: детекция дочернего иона
МС/МС
МС
М.в. родительского (молекулярного) иона
Родительский ион
Диссоциация, индуцированная столкновением, CID, collision induced dissociation
Дочерние ионы

Предшествующая селекция + диссоциация, индуцированная столкновением (англ. CID, collision induced dissociation)
Тандемная масс-спектрометрия
Селекция родительского иона
Дочерние ионы
MS

Фрагментация пептида
Существуют определенные правила, устанавливающие направления фрагментации химических соединений в масс-спектрометре
CID

Фрагменты могут быть обнаружены, только если они несут, по крайней мере, один заряд
Если этот заряд остается на N-конце фрагмента, то ион классифицируется либо как a, b или c
Если заряд остается на С-конце, то тип иона будет либо x, y
или z

В зависимости от того, какая связь разрушается и в какой части фрагмента сохраняется заряд, выделяют несколько групп ионов:
При разрыве связи С-С образуются ионы a и x, при разрыве связи С-N — ионы b и y, при разрыве связи N-С — ионы c и z. Фрагменты a, b, c содержат N-концевую аминокислоту исходного пептида, а фрагменты x, y, z — С-концевую аминокислоту исходного пептида.

Фрагментация пептида
Пример:

Стратегии масс-спектрометрической характеристики белков протеома:
В top-down (сверху-вниз) протеомике с помощью масс-спектрометрии анализируются целые белки
В bottom-up (снизу-вверх) протеомике неизвестный белок специфически расщепляется химически или ферментативно на пептиды, массы которых определяются с помощью масс-спектрометрии.

- определение набора значений масс пептидов, формируемых после проведения высокоспецифического гидролиза исследуемого белка,
или получение масс-спектрометрической пептидной карты.
Протеомика «снизу-вверх», или (shot-gan)
фингерпринтинг масс пептидов (англ. PMF, Peptide Mass Fingerprint – дактилоскопия масс пептидов, или отпечатки пальцев-масс-пептидов)

Схема этапов MALDI-TOF масс-спектрометрии

Протеомика «сверху-вниз»
масс-анализ целых белков без протеолиза

PMF on WEB
Компьютерный поиск сходства полученных спектров со спектрами в базах данных

Тандемная масс-спектрометрия (MS/MS) для картирования посттрансляционных модификаций (PTM)

Modeller - компьютерная программа, которая моделирует трехмерные структуры белков и строит их со всеми необходимыми пространственными ограничениями.
Пространственная структура белков
«Аминокислотная последовательность белка однозначно определяет его пространственную структуру»
анализируется рассеянное атомами кристалла рентгеновское излучение, благодаря чему удаётся воссоздать распределение электронной плотности в кристалле.
Экспериментальный подход:
- Спектроскопия ядерного магнитного резонанса (ЯМР)
- Рентгеноструктурный анализ кристаллов белка (рентгеновская кристаллография):
Биоинформатический подход:
Предсказание пространственной структуры белка на основе информации об его аминокислотной последовательности
(иногда получается, но надо сравнивать с экспериментально полученной)
– основана на поглощении радиочастотного электромагнитного излучения ядрами образца с ненулевым магнитным моментом, помещенного в постоянное магнитное поле.

Цель функциональной протеомики: определение функциональных свойств протеома.
установление функций каждого из белков протеома;
предсказание функциональной роли отдельных белков путем сопоставления их качественного и количественного состава в клетке на разных стадиях и в разных состояниях ее развития;
анализ межбелковых взаимодействий;
выяснение взаимосвязи между структурой и функцией белков;
изучение механизмов функционирования белков.
Функциональная протеомика
Задачи функциональной протеомики:
Подходы изучения:
Экспериментальный-
анализ микрочипов, РНК-интерференция и двугибридный анализ и др
Биоинформатический –
предсказание функции на основе вычислительных методов.

Функция белка — очень широкий термин: роли белков варьируют от катализа биохимических реакций до передачи сигнала и клеточного транспорта, и один белок может играть определённую роль в нескольких клеточных процессах.
Функция может ссылаться на роль белка в клетке:
Энзимные (ферментные) белки, которые служат катализаторами биохимических реакций в клетках и таких функций как пищеварение;
Транспортные белки, такие как гемоглобин, который переносит кислород из лёгких к другим частям тела;
Структурные белки, такие как коллаген и эластин, которые обеспечивают фиброзную основу соединительных тканей в животных организма;
Резервные (запа́сные) белки, такие как казеин, который является главным источником аминокислот для организмов детёнышей млекопитающих;
Гормональные белки, такие как инсулин, который помогает регулировать концентрацию сахара в крови;
Рецепторные белки, которые встраиваются в мембраны нервных клеток и детектируют химические сигналы, передаваемые другими нервными клетками;
Сократимые белки, такие как миозин, который играет большую роль в движении мышц;
Защитные белки, включающие антитела, которые защищают организм от болезней.

pRb - белок ретинобластомы (англ. retinoblastoma protein) – белок супрессора опухоли, дисфункционального при некоторых тяжелых формах рака.
Одной из функций pRb является предотвращение прогрессии чрезмерного роста клеток путём ингибирования клеточного цикла, пока клетки не готовы к делению. Когда клетка готова к делению, pRb фосфорилируется, становится неактивным и позволяет проходить клеточному циклу. Связывание и инактивация pRb может привести к раку.
Ортологи Rb1 были также определены у большинства млекопитающих, для которых доступны полные данные генома.
Rb принадлежит семейству «карманных» белков (англ. pocket protein family), члены которого имеют карман для функционального связывания с другими белками. Он рекрутёр нескольких ферментов ремоделирования хроматина, таких как метилазы и ацетилазы.
Например:

1. Методы, основанные на гомологии
Белки, сходные по последовательности, могут иметь также и сходную функцию. Однако не всегда близкородственные белки выполняют одну и ту же функцию. Многие белки с одинаковой функцией имеют едва обнаруживаемые сходства, тогда как встречаются белки, очень схожие по последовательности, но совершенно разные по функциям.
Некоторые биоинформатические методы предсказания функции
2. Методы, основанные на мотивах последовательностей
4. Методы, основанные на геномном контексте
Используют для установления молекулярных функций, предсказание на основе геномного контекста может быть использовано для предположения биологического процесса, в котором участвует белок. Например, белки, участвующие в одном и том же пути передачи сигнала, имеют общий для всех видов геномный контекст.
Находят в искомой последовательности уже известные домены (или супрадомены, т.е. комбинациии из двух или более последовательно расположенных доменов) для предположения возможных функций. Мотивы (более короткие характерные последовательности, связанные с определенными функциями) также могут быть использованы для предсказания внутриклеточной локализации белка. Некоторые особенности функции белков можно предсказать без сравнения с полноразмерными гомологичными последовательностями.
3. Методы, основанные на структуре белка
Поскольку 3D-структура белка, как правило, является более консервативной, чем белковая последовательность, сходство структур может указывать на сходство и функций белков. Вместо структуры всего белка, поиск ведется по структурам отдельных мотивов, содержащим, например, сайт связывания лиганда или активный сайт фермента.

5. Функция, основанная на клеточном процессе
RBP является обильным, растворимым, секретируемым
6. Функция, основанная на биологическом процессе
RBP является существенным для зрения
7. Функция, основанная на «протеомике» или высокопроизводительной
«Функциональной геномике»
Высокопроизводительные анализы показывают…
RBP уровни повышены при почечной недостаточности
RBP уровни уменьшены при болезни печени
Биоинформатически функцию белка pRb можно рассматривать с разных перспектив
1. Биохимическая функция (молекулярная функция)
RBP связывает ретинол, может быть транспортным
2. Функциональное назначение, основанное на гомологии
RBP = Другой транспортный белок
Тоже может быть транспортным
3. Функция, основанная на структуре
RBP формирует карман
4. Функция, основанная на специфичности связывания с лигандом
RBP связывает витамин A

Первичные структуры структурно-гомологичного семейства эндотелинов / токсинов
Первичные структуры природных пептидов брадикининов, полученных из разных живых организмов. Жирным шрифтом указаны квазиконсервативные области

Первичные структуры структурно-гомологичного семейства эндотелинов млекопитающих и токсинов змей
Пространственная структура сосудосокращающего пептида эндотелина-1 человека
Пространственная структура сарафотоксина 6b израильской змеи Atractaspis engaddesis

Белки могут «временно» связываться друг с другом или же образовывать «стабильные» мультибелковые комплексы.
При этом белковые комплексы могут быть как гетеро-, так и гомоолигомерными.
Классическими примерами ББВ являются взаимодействия фермент-ингибитор и антитело-антиген, но помимо них ББВ могут возникать между двумя доменами или же доменом и пептидом.
Белок-белковые взаимодействия (PPI)
Большинство клеточных процессов осуществляются белковыми машинами или совокупностями десяти и более белков.
Эти межбелковые взаимодействия важны по отношению ко всем клеточным процессам, и понимание их является ключевым к пониманию любой биологической системы.
Белок-белковое взаимодействие подковообразного ингибитора рибонуклеазы (показана каркасная модель) с рибонуклеазой.

Интерактом – сложная биомолекулярная сеть, которая должна быть:
- точно картирована (найдены все PPI, которые имеют место в клетке),
- исследована (найти для любого белка его взаимодействия),
- проанализирована (измерить параметры сети).
Напомню, что совокупность (компендиум) всех биологически значимых физических протеин-протеин взаимодействий (PPIs) для данной клетки или организма называют интерактомом.
Визуализация интерактома человека, где точки обозначают белки, а соединяющие их синие линии — взаимодействия между белками.

Белок-белковые взаимодействия (PPI)
PPI методы
Экспериментальные
Двугибридная дрожжевая система
Ко-иммунопреципитация
Масс-спектрометрия
Рентгеновская кристаллография
ЯМР–спектроскопия
Геномный контекст
Филогенетические профили
Консервативность генного окружения
Слияние генов
Из последовательности и структуры
Скоррелированные мутации
Сходство филогенетических деревьев
HMM, MSA, Motif
Эволюционное отслеживание
Анализ поверхностных участков, стыковки
Биоинформатические

Двугибридный метод (2Н method)
Высоко-производительные двугибридные системы (2Н):
- Y2H-дрожжевая двугибридная система, в клетках дрожжей
Бейт-плазмида
Прей-плазмида
Бейт (bait) – «наживка»
Прей (prey) – «добыча»
Анализ результата

- LUMIER – система на основе люминесценции (люцифераза) в клетках млекопитающих
Renilla luciferase plasmid
Curr. Opin. Chem. Biol.
FLAG - эпитоп

Принцип выделения белковых комплексов методом коиммунопреципитации

Принцип тандемной аффинной очистки целевого белка в комплексе с белками-партнерами (Tandem Affinity Purification, TAP)
Принцип аффинного выделения 6xHis-меченого белка в комплексе с белками-партнерами

Методы ЯМР в исследовании биомолекулярных комплексов

Белковый микрочип - это технология, когда на твердую подложку
(основание) в различных точках ковалентно пришиваются тысячи
различных белков (антигены, антитела, ферменты и т. д.). Каждый
отдельный белок формирует область с высокой концентрацией на микрочипе. Данная технология очень схожа с технологией ДНК-микрочипа, только в качестве зондов выступают не молекулы однонитевой ДНК, а белки.
Белковый микроэррей

Белковый микроэррей
Типы белкового микроэррея
В настоящее время для изучения биохимической активности белков используются три типа белкового микроэррея:
Аналитический микроэррей (AM)
Функциональный микроэррей (FM)
Микроэррей обратной фазы (RPM)

Аналитический микроэррей
Различные типы лигандов, включая антитела, антигены, ДНК- или РНК-аптамеры, карбогидраты или маленькие молекулы (метаболиты), с высоким сродством (аффинностью) и специфичностью наносятся пятнами на производную поверхность.
Образцы белков из двух биологических состояний для сравнения отдельно метятся красным или зеленым флуоресцентным красителем, смешиваются и инкубируются на чипе. Пятна в красном или зеленом цвете идентифицируют избыток белков из одного состояния над другим.
Эти типы микроэррея могут быть использованы для мониторинга дифференциальных профилей экспрессии и для клинической диагностики. Примеры включают профилирование ответов на стрессы окружающей среды и сравнение здоровых и больных тканей.
Функциональный белковый микроэррей (FM)
Нативные белки или пептиды индивидуально очищаются или синтезируются используя высоко-производительные подходы и в массе наносятся на доступную поверхность для формирования функционального белкового микроэррея.

Эти чипы используются для анализа белковой активности, связывающих свойств и посттрансляционных модификаций.
Функциональный белковый микроэррей может быть использован для идентификации субстратов исследуемых ферментов.
Этот класс чипов особенно полезен в идентификации лекарств и мишеней лекарств и в построении биологических сетей.

Аналитический микроэррей по сравнению с функциональным белковым
Функциональные белковые микроэррей отличается от аналитического в том, что функциональные белковые микроматрицы составляются из массивов содержащих полноразмерные функциональные белки или белковые домены.

Протеиновый микроэррей обратной фазы (RPA)
В RPA из различных исследуемых тканей изолируются клетки и лизируются.
Лизаты наносятся массивом на нитроцеллюлозный слайд, используя контактный штырьковый прибор. Слайды затем исследуются с антителами против целевого белка и антитела детектируются хемилюминесцентным, флуоресцентным или колориметрическим анализом.
RPA позволяет определить присутствие измененных белков, что может быть свидетельством болезни.
Особенно, пост-трансляционные модификации, которые обычно изменяются в результате заболевания, могут быть обнаружены RPA.

Они используются для изучения ряда белковых взаимодействий, таких как белок-белок, белок-ДНК, белок-РНК, белок-фосфолипид и белок-маленькая молекула.
Эти белковые чипы используются для изучения биохимических активностей целого протеома в единичном эксперименте.

БЕЛКОВЫЕ ЧИПЫ

Ткани и органы человека, для которых составлены списки белков и оценено их относительное количество
M. Uhlén, L. Fagerberg, Björn M. Hallström, C. Lindskog, et al. Tissue-based map of the human proteome //Science. 2015. V. 347. P. 394.
Серым цветом отмечены ткани, где применялись только иммуногистохимические методы (только для белков),
а черным — те, для которых проводились и определения белков, и их мРНК.
Атлас белков человека
https://www.proteinatlas.org/ENSG00000265681-RPL17/tissue
- ribosomal protein RPL17

M. Uhlén, L. Fagerberg, Björn M. Hallström, C. Lindskog, et al. Tissue-based map of the human proteome //Science. 2015. V. 347. P. 394.
Классификация белок-кодирующих генов, основанная на экспрессирующейся РНК
экспрессируются одинаково во всех тканях;
количество мРНК в 5 раз выше, чем максимальный уровень для остальных тканей;
количество мРНК для небольшой группы тканей в пять раз выше, чем в среднем для всех тканей;
немного повышенный уровень по сравнению со средним для всех тканей;
не установлено.
имеют повышенный уровень экспрессии в различных тканях;

Транскриптомный анализ образцов, представляющих все основные органы и ткани организма человека, выявил 8874 кодирующих белок гена, обнаруженных во всех проанализированных тканях.
Белки «домашнего хозяйства»
«Домашние белки» существуют во всех классах белков, но некоторые классы явно пересыщены.
Примеры классов белков домашнего хозяйства
Понятный класс белков домашнего хозяйства - это те, которые участвуют в генетическом механизме экспрессии генов, например, РНК-полимеразы и рибосомные белки, необходимые для транскрибирования и трансляции ДНК в белки. Интуитивно понятно, что без этих генов клетка и организм вообще не могут функционировать.
Uhlen et al (2015). Tissue-based map of the human proteome. Science.
DOI: 10.1126/science.1260419

Сравнительный анализ транскриптомов, протеомов и транслятомов в клетках млекопитающих
Транскриптом клеток (совокупность мРНК) не определяет автоматически состав клеточного протеома (совокупности белков). Дифференциальная трансляции мРНК на рибосомах вносит существенный вклад в формирование протеома.
Поэтому транслятом (совокупность мРНК, транслируемых на рибосомах в данный момент), является важным промежуточным этапом в реализации генетической информации.
Транслятом количественно характеризуют с помощью метода рибосомного профайлинга (Ribo-seq), основанного на изоляции защищённых рибосомами фрагментов мРНК от остальных видов клеточной РНК с последующим их секвенированием.
Были получены данные RNA-seq и Ribo-seq для трёх органов (мозг, печень, семенники), формирующихся из разных зародышевых листков, пяти видов млекопитающих (человек, макака, мышь, опоссум и утконос) и курицы.
Показана важная роль транслятомного уровня регуляции экспрессии в реализации генетической информации и формировании клеточного протеома в разных органах эволюционно удаленных видов животных.

Практическая протеомика
Докинг – одна из самых главных и важных стадий процесса компьютерного моделирования лекарств.

построение модели структуры комплекса молекулы лиганда (биологически активного вещества) и молекулы рецептора (биомишени). Обычно молекула рецептора представляет собой белковую макромолекулу, а молекула лиганда ‒ малую молекулу. Реже встречаются примеры белок-белкового докинга.
AutoDock ‒ программа для автоматического докинга. С помощью этой
программы можно посмотреть как молекулы лекарств или кандидатов на роль лекарств взаимодействуют в известной 3D-структуре.
Основная задача докинга ‒

Применение в биологии
Протеомные карты ‒ начальная точка для главного исследования в геномике.
Изучаемые вопросы:
Как много генома транскрибируется и транслируется в живом организме?
Какое действие оказывают на протеом разные условия роста?
исследования продолжаются на
эукариотах, таких как человек: интенсивно модифицируют белки, отщепляя их N- и C- концы; декорируют их сахарами и/или фосфатами, сульфатами и другими РTMs
Дрожжи Saccharomyces cerevisiae...
Плодовая мушка Drosophilla melanogaster, …
Растение Arabidopsis thaliana, …
и многие другие …

- Конструирование устойчивости к патогенам / паразитам разных растений;
большинство из этих механизмов устойчивости включают экспрессию токсичных или защитных белков;
Открытие новых токсичных или защитных белков;
Протеомный проект по шерсти для изучения экономически важных характеристик, таких как цвет и прочность волокна.
- Оценка дополнительных сельскохозяйственных продуктов:
а. переработка продуктов низкого значения,
б. протеинизация молочной сыворотки как побочного продукта сыроделия
(исследование может ли эта сыворотка использоваться для выращивания
рекомбинантных бактерий для биотехнологического производства).
Улучшение сельскохозяйственных продуктов
Контроль качества
Является ли фарш, продаваемый как говяжий, действительно говяжьим, или смесью говядины и …
Протеомные технологии обеспечивают новый уровень точности в определении белок-содержащих продуктов.

Отслеживание сложности
взаимодействий хозяин-патоген или хозяин-паразит:
например: фиксация азота у бобовых путем ассоциации с бактериями (Rhizobium) для формирования узелков; инфицирование льна ржавчиной льна.
Иммуногенные белки
- идентификация белковых агентов, вызывающих болезни, которые распознаются иммунной системой
(вакцин-кандидатов для микробных патогенов, напр.: инфекции Chlamydia trachomatis);
- исследование аллергии: пыльца каких трав является наиболее иммуногенной; идентификация аллергенов (белков) в латексе (перчатки) 2Д PAGE, используя латекс как образец.
Судебной медицине, Микробиологии, Эпидемиологии, Таксономии
Токсикология и фармацевтика
Множественные перекрывающиеся пути метаболизма нарушаются токсинами или лекарствами: одновременная идентификация, характеристика и количественная оценка ряда генных продуктов и ПТМ; массивно-параллельный подход, предлагаемый протеомикой.

- Ретиноевая кислота (использовали в дерматологии и онкогематологии)
ацилирование белков ретиноевой кислотой (ПТМ) и определение этих ацилированных белков методами протеомики.
- Фосфорилирование
сигналы биохимических путей «в» или «из» киназами и фосфатазами, сложные сети
и т. п.
Канцерогенные продукты действуют подобно фармакологическим агентам, нарушая PTM и уровень экспрессии ряда белков
- изменения онкогенных продуктов и модификации специфических белков клеточного цикла играют важную роль в генезисе опухоли и развитии рака
Рак
Исследования продолжаются на мозге, щитовидной железе, груди, легких, почках, мочевом пузыре, яичниках, костном мозге.

Заключение
А
Б
В
Г
Е
Ф
?
Если все буквы «Война и мир» высыпать в мешок и затем пытаться наугад вытаскивая их воспроизвести сцену первого бала Наташи Ростовой – задача, сравнимая с задачами геномики и протеомики. (Извините, не помню, кто сказал)
Вам, есть чем заняться! Успехов!!!