Трехмерное представление молекул. Фармакофоры

Проблема трехмерного представления и выравнивания молекул

Проблема перехода 2D – 3D
O=C1Nc2ccc(S(=O)(=O)Nc3ccc(O)c(Cl)c3)c3cccc1c23
?

Виной всему - Rotatable bonds
Implement in RDKit !!

Решение – минимизация энергии молекулы
Молекула стремится пребывать в состоянии с наименьшей энергией.
Как найти значение энергии молекулы?
Quantum mechanics
Semi-empirical
Force-field

Force Fields

MMFF optimization
46,95
48,27
наложение
Implement in RDKit !!

Проблема локального минимума
Параметры
E

Проблема лиганд-рецепторного взаимодействия

Выравнивание и наложение молекул

Фармакофор
это набор пространственных и электронных признаков, необходимых для обеспечения оптимальных супрамолекулярных взаимодействий с определённой биологической мишенью.
Доноры водорода
Акцепторы водорода
Ароматические циклы
Гидрофобные участки

Моделирование фармакофора
Ligand-based
Structure-based

Ligand-based
Этапы
Выравнивание и наложение молекул
Выявление общих фармакофорных центров

http://www.cheminfo.org/Chemistry/Cheminformatics/FormatConverter/index.html