Трехмерное представление молекул. Фармакофоры

Март 6, 2021

Главная
Биология
Трехмерное представление молекул. Фармакофоры

Содержание

2. Проблема трехмерного представления и выравнивания молекул
3. Проблема перехода 2D – 3D O=C1Nc2ccc(S(=O)(=O)Nc3ccc(O)c(Cl)c3)c3cccc1c23 ?
4. Виной всему - Rotatable bonds Implement in RDKit !!
5. Решение – минимизация энергии молекулы Молекула стремится пребывать в состоянии с наименьшей энергией. Как найти значение
6. Force Fields
7. MMFF optimization 46,95 48,27 наложение Implement in RDKit !!
8. Проблема локального минимума Параметры E
9. Проблема лиганд-рецепторного взаимодействия
10. Выравнивание и наложение молекул
11. Фармакофор это набор пространственных и электронных признаков, необходимых для обеспечения оптимальных супрамолекулярных взаимодействий с определённой биологической
12. Моделирование фармакофора Ligand-based Structure-based
13. Ligand-based Этапы Выравнивание и наложение молекул Выявление общих фармакофорных центров
15. http://www.cheminfo.org/Chemistry/Cheminformatics/FormatConverter/index.html
18. Скачать презентацию

Слайд 2

Проблема трехмерного представления и выравнивания молекул

Проблема трехмерного представления и выравнивания молекул

Слайд 3

Проблема перехода 2D – 3D
O=C1Nc2ccc(S(=O)(=O)Nc3ccc(O)c(Cl)c3)c3cccc1c23
?

Проблема перехода 2D – 3D O=C1Nc2ccc(S(=O)(=O)Nc3ccc(O)c(Cl)c3)c3cccc1c23 ?

Слайд 4

Виной всему - Rotatable bonds
Implement in RDKit !!

Виной всему - Rotatable bonds Implement in RDKit !!

Слайд 5

Решение – минимизация энергии молекулы
Молекула стремится пребывать в состоянии с наименьшей энергией.
Как

Решение – минимизация энергии молекулы Молекула стремится пребывать в состоянии с наименьшей

найти значение энергии молекулы?
Quantum mechanics
Semi-empirical
Force-field

Слайд 6

Force Fields

Force Fields

Слайд 7

MMFF optimization
46,95
48,27
наложение
Implement in RDKit !!

MMFF optimization 46,95 48,27 наложение Implement in RDKit !!

Слайд 8

Проблема локального минимума
Параметры
E

Проблема локального минимума Параметры E

Слайд 9

Проблема лиганд-рецепторного взаимодействия

Проблема лиганд-рецепторного взаимодействия

Слайд 10

Выравнивание и наложение молекул

Выравнивание и наложение молекул

Слайд 11

Фармакофор
это набор пространственных и электронных признаков, необходимых для обеспечения оптимальных супрамолекулярных

Фармакофор это набор пространственных и электронных признаков, необходимых для обеспечения оптимальных супрамолекулярных

взаимодействий с определённой биологической мишенью.
Доноры водорода
Акцепторы водорода
Ароматические циклы
Гидрофобные участки

Слайд 12

Моделирование фармакофора
Ligand-based
Structure-based

Моделирование фармакофора Ligand-based Structure-based

Слайд 13

Ligand-based
Этапы
Выравнивание и наложение молекул
Выявление общих фармакофорных центров

Ligand-based Этапы Выравнивание и наложение молекул Выявление общих фармакофорных центров

Слайд 14

Слайд 15

http://www.cheminfo.org/Chemistry/Cheminformatics/FormatConverter/index.html

http://www.cheminfo.org/Chemistry/Cheminformatics/FormatConverter/index.html

Слайд 16