Слайд 2Проблема трехмерного представления и выравнивания молекул
![Проблема трехмерного представления и выравнивания молекул](/_ipx/f_webp&q_80&fit_contain&s_1440x1080/imagesDir/jpg/1043247/slide-1.jpg)
Слайд 3Проблема перехода 2D – 3D
O=C1Nc2ccc(S(=O)(=O)Nc3ccc(O)c(Cl)c3)c3cccc1c23
?
![Проблема перехода 2D – 3D O=C1Nc2ccc(S(=O)(=O)Nc3ccc(O)c(Cl)c3)c3cccc1c23 ?](/_ipx/f_webp&q_80&fit_contain&s_1440x1080/imagesDir/jpg/1043247/slide-2.jpg)
Слайд 4Виной всему - Rotatable bonds
Implement in RDKit !!
![Виной всему - Rotatable bonds Implement in RDKit !!](/_ipx/f_webp&q_80&fit_contain&s_1440x1080/imagesDir/jpg/1043247/slide-3.jpg)
Слайд 5Решение – минимизация энергии молекулы
Молекула стремится пребывать в состоянии с наименьшей энергией.
Как
![Решение – минимизация энергии молекулы Молекула стремится пребывать в состоянии с наименьшей](/_ipx/f_webp&q_80&fit_contain&s_1440x1080/imagesDir/jpg/1043247/slide-4.jpg)
найти значение энергии молекулы?
Quantum mechanics
Semi-empirical
Force-field
Слайд 7MMFF optimization
46,95
48,27
наложение
Implement in RDKit !!
![MMFF optimization 46,95 48,27 наложение Implement in RDKit !!](/_ipx/f_webp&q_80&fit_contain&s_1440x1080/imagesDir/jpg/1043247/slide-6.jpg)
Слайд 8Проблема локального минимума
Параметры
E
![Проблема локального минимума Параметры E](/_ipx/f_webp&q_80&fit_contain&s_1440x1080/imagesDir/jpg/1043247/slide-7.jpg)
Слайд 9Проблема лиганд-рецепторного взаимодействия
![Проблема лиганд-рецепторного взаимодействия](/_ipx/f_webp&q_80&fit_contain&s_1440x1080/imagesDir/jpg/1043247/slide-8.jpg)
Слайд 10Выравнивание и наложение молекул
![Выравнивание и наложение молекул](/_ipx/f_webp&q_80&fit_contain&s_1440x1080/imagesDir/jpg/1043247/slide-9.jpg)
Слайд 11Фармакофор
это набор пространственных и электронных признаков, необходимых для обеспечения оптимальных супрамолекулярных
![Фармакофор это набор пространственных и электронных признаков, необходимых для обеспечения оптимальных супрамолекулярных](/_ipx/f_webp&q_80&fit_contain&s_1440x1080/imagesDir/jpg/1043247/slide-10.jpg)
взаимодействий с определённой биологической мишенью.
Доноры водорода
Акцепторы водорода
Ароматические циклы
Гидрофобные участки
Слайд 12Моделирование фармакофора
Ligand-based
Structure-based
![Моделирование фармакофора Ligand-based Structure-based](/_ipx/f_webp&q_80&fit_contain&s_1440x1080/imagesDir/jpg/1043247/slide-11.jpg)
Слайд 13Ligand-based
Этапы
Выравнивание и наложение молекул
Выявление общих фармакофорных центров
![Ligand-based Этапы Выравнивание и наложение молекул Выявление общих фармакофорных центров](/_ipx/f_webp&q_80&fit_contain&s_1440x1080/imagesDir/jpg/1043247/slide-12.jpg)
Слайд 15http://www.cheminfo.org/Chemistry/Cheminformatics/FormatConverter/index.html
![http://www.cheminfo.org/Chemistry/Cheminformatics/FormatConverter/index.html](/_ipx/f_webp&q_80&fit_contain&s_1440x1080/imagesDir/jpg/1043247/slide-14.jpg)