Биоинформатика

Биоинформатика
Разработка алгоритмов для анализа биологических данных большого объема
Алгоритм поиска генов в геноме
Анализ и интерпретация различных типов биологических данных таких, как нуклеотидные и аминокислотные последовательности, домены белков, структура белков и т.д.
Изучение структуры активного центра белка
Разработка программного обеспечения для управления и быстрого доступа к биологическим данным
Создание банка данных аминокислотных последовательностей

Пионеры биоинформатики
Лайнус Полинг
1962
Zuckerkandl, E., and L. Pauling. 1962. Molecular disease, evolution, and genic heterogeneity. Horizons in Biochemistry, Academic Press, New York, 189-225.
Zuckerkandl, E., and L. Pauling. 1965. Evolutionary divergence and convergence
in proteins. Evolving Genes and Proteins, Academic Press, New York, 97-166.
Анализ аминокислотных последовательностей глобинов нескольких позвоночных
Гипотеза молекулярных часов

Пионеры биоинформатики
Маргарет Дейхофф
Однобуквенный код аминокислот
A,C,D,E,F,G,H…
Матрицы аминокислотных замен PAM (Point Accepted Mutation)
1965
Атлас последовательностей белков и их структур (1965)

Первый “банк данных”
Атлас белковых последовательностей и их структур
1965 -1978
Первая версия атласа содержала описание 65 ! последовательностей белков

Банк данных PIR-PSD
PSD (Protein Sequence Database) – банк данных классифицированных и аннотированных белковых последовательностей
одно из подразделений PIR
прямой наследник атласа Дейхофф
1984
http://pir.georgetown.edu/pirwww/search/textpsd.shtml
Текущий релиз 80 (31 декабря 2004) содержит 283 416 документов

Банк данных Swiss-Prot
1986
Swiss-Prot – база знаний о белковых последовательностях
http://www.expasy.org/sprot/
Курируемая база данных
“Золотой стандарт” аннотации

Банк данных Swiss-Prot
Амос Байрох
Руководитель группы Swiss-Prot в Швейцарском Институте Биоинформатики
С 1987 поддерживается в сотрудничестве между
Swiss Institute of Bioinformatics (SIB)
European Bioinformatics Institute (EBI)

Банк данных Swiss-Prot
Статистика роста
количества документов
Текущий релиз 45.5 (4 января 2005) содержит 167 089 документов

Документ банка данных Swiss-Prot
Описание документа: идентификатор,
имя, дата создания и модификации
Аннотация последовательности
Последовательность

Банк данных TrEMBL
Формальная трансляция всех кодирующих нуклеотидных последовательностей из банка EMBL
Автоматическая классификация и аннотация
TrEMBL (Translated EMBL)
Текущий релиз 29.0 (1 февраля 2005) содержит 1 589 670 документов

Тенденция объединения
2002

Банк данных UniProt
UniProt (Universal Protein Resource)
UniProt Knowlegebase – UniProt
UniProt Archive – UniParc
UniProt Reference – UniRef