Молекулярная биология

Некоторые параметры молекул ДНК и белка:
Один шаг это полный виток спирали ДНК-поворот на 3600
Один шаг составляют 10 пар нуклеотидов
Длина одного шага - 3,4 нм
Расстояние между двумя нуклеотидами - 0,34 нм
Молекулярная масса одного нуклеотида - 345 г/моль
Молекулярная масса одной аминокислоты – 100 г/мол
В молекуле ДНК: А+Г=Т+Ц (Правило Чаргаффа
Комплементарность нуклеотидов: А=Т; Г=Ц
Цепи ДНК удерживаются водородными связями, которые образуются между комплементарными азотистыми основаниями: аденин с тимином соединяются 2 водородными связями, а гуанин с цитозином тремя.
В среднем один белок содержит 400 аминокислот

Задачи
Последовательность нуклеотидов одной из цепей двух молекул ДНК следующая:
1) …А А А Т Ц Т Т Т Т Т Т А Т А А Т Г Т…
2) …А Г Г Ц Ц Г Ц Г Ц Т Ц Ц Ц Ц Г А Г Г Г…
В какой молекуле двойная спираль устойчивее к повышению температуры?

Задачи
Фрагмент молекулы ДНК состоит из 6000 нуклеотидов. Определите длину данного фрагмента ДНК.

Задачи
Фрагмент молекулы ДНК состоит из 6000 нуклеотидов. Определите длину данного фрагмента ДНК.
Решение:
6000 : 2 = 3000 - длина одной цепи ДНК.
0,34 - длина одного нуклеотида
3000 * 0,34 нм = 1020 нм
Ответ: 1020 нм.

Задачи
Фрагмент молекулы ДНК состоит из 4500 нуклеотидов. Определите длину данного фрагмента ДНК.

Задачи
Фрагмент молекулы ДНК состоит из 3000 нуклеотидов, из них цитидиловых нуклеотидов 650. Определите длину данного фрагмента и количество адениловых, тимидиловых и гуаниловых нуклеотидов.

Задачи
Фрагмент молекулы ДНК состоит из 3000 нуклеотидов, из них цитидиловых нуклеотидов 650. Определите длину данного фрагмента и количество адениловых, тимидиловых и гуаниловых нуклеотидов.
Решение:
Длина одной пары нуклеотидов 0.34 нм.
3000/2×0.34=510нм.
За закону Чаргафа:
А=Т
Г=Ц=650 нуклеотидов
Г+Ц=1300.
3000-1300=1700.
1700=А+Т
А=Т=850 нуклеотидов.

Задачи
Фрагмент молекулы ДНК состоит из 5760 нуклеотидов, из них тимидиловых нуклеотидов 1125. Определите длину данного фрагмента и количество адениловых, гуаниловых и цитидиловых нуклеотидов.

Задачи
Определите количество водородных связей во фрагменте ДНК – ГТЦАТГГАТАГТЦЦТАТ
Решение:
Цепи ДНК комплементарны , значит суммы А+Т и Г+Ц равны суммам второй цепи. Между А и Т образуется 2 водородные связи, между Г и Ц – 3 связи.
А+Т=10∙2=20, Г+Ц=7∙3=21, 20+21= 41 водородных связей

Задачи
Определите количество водородных связей во фрагменте ДНК – ТЦГАГТАЦЦТАТГАТЦЦЦ

Задачи
Молекула ДНК состоит из 4000 нуклеотидов. Определите число полных спиральных витков в данной молекуле
Решение:
Полный виток или один шаг в молекуле ДНК составляют 10 пар нуклеотидов. В данной молекуле 4000 нуклеотидов, что составляет 2000 пар, следовательно: 2000:10=200 полных витков.
Ответ: 200 полных спиральных витков в молекуле ДНК

Задачи
Молекула ДНК состоит из 3600 нуклеотидов. Определите число полных спиральных витков в данной молекуле.

Задачи
Длина участка молекулы ДНК составляет 850 нм. Определите количество нуклеотидов в одной цепи ДНК

Задачи
Длина участка молекулы ДНК составляет 850 нм. Определите количество нуклеотидов в одной цепи ДНК
Решение:
Расстояние между двумя нуклеотидами - 0,34 нм
850/0,34 = 2500 нуклеотидов

Задачи
Фрагмент молекулы ДНК состоит из 1000 нуклеотидов, из них адениловых нуклеотидов 23%. Определите количество гуаниловых, тимидиловых и цитидиловых нуклеотидов.

Задачи
Фрагмент молекулы ДНК состоит из 1000 нуклеотидов, из них адениловых нуклеотидов 23%. Определите количество гуаниловых, тимидиловых и цитидиловых нуклеотидов.
Решение:
1000 нуклеотидов это 100%, определим, сколько нуклеотидов составляет 23% адениловых: 23∙1000:100=230 нуклеотидов,
А=Т=230, 1000-460(А+Т)=540(Г+Ц); Г=Ц=270(540:2)
Ответ: Г-270, Т-230, Ц-270 нуклеотидов в фрагменте ДНК

Задачи
Фрагмент молекулы ДНК состоит из 2000 нуклеотидов, из них гуаниловых нуклеотидов 18%. Определите количество адениловых, тимидиловых и цитидиловых нуклеотидов.

Задачи
Определите молекулярную массу фрагмента ДНК если он состоит из 900 нуклеотидов.

Задачи
Определите молекулярную массу фрагмента ДНК если он состоит из 900 нуклеотидов.
Решение:
Молекулярная масса одного нуклеотида составляет 345 г/моль, следовательно молекулярная масса фрагмента ДНК: 900∙345=310500 г/моль
Ответ: молекулярная масса фрагмента ДНК- 310500 г/моль

Задачи
Определите молекулярную массу фрагмента ДНК если он состоит из 1400 нуклеотидов.

Задачи
Молекулярная масса молекулы ДНК составляет 17250 г/моль Определите количество нуклеотидов в молекуле и её длину.

Задачи
Молекулярная масса молекулы ДНК составляет 17250 г/моль Определите количество нуклеотидов в молекуле и её длину.
Решение:
Молекулярная масса одного нуклеотида - 345 г/моль
17250 / 345 = 50 нуклеотидов
Всего в молекуле ДНК 50 / 2 = 25 пар нуклеотидов
Расстояние между двумя нуклеотидами - 0,34 нм
25 х 0,34 = 8,5 нм

Задачи
Молекулярная масса молекулы ДНК составляет 27600 г/моль Определите количество нуклеотидов в молекуле и её длину.

F (Forward)
R (Reverse)

Вторичная структура ДНК
Правила расположения нуклеотидов в ДНК:
5’ CATGTA 3’
3’ GTACAT 5’
CATGTA

F (Forward)
R (Reverse)
5’ CCGТАCGТGААТGC 3’
5’ GCАТТCАCGТАCGG 3’
5’ GCАТТCАCGТАCGG 3’
RС (Reverse-Complement)
R (Reverse)
С (Complement)
CGTAAGTGCATTGCC
CCGТАCGТGААТGC

Выравнивание генетических последовательностей
В эволюции генетических последовательностей происходят как замены, так и вставки и делеции. Первым этапом филогенетического анализа является идентификация вставок и делеций, имевших место в эволюционной истории анализируемой группы последовательностей. Эту процедуру называют выравниванием (to align, alighment) последовательностей.
Выравнивание последовательностей направлено на выявление гомологичных (имеющих общее эволюционное происхождение) позиций анализируемых последовательностей, установление наиболее вероятного, т.е. требующего наименьшего числа эволюционных событий, сценария эволюции анализируемой группы.

Выравнивание генетических последовательностей

Выравнивание генетических последовательностей

Выравнивание генетических последовательностей
Clustal - это одна из самых широко используемых компьютерных программ для множественного выравнивания нуклеотидных и аминокислотных последовательностей (multiple sequence alignment).
https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/

BLAST
BLAST (англ. Basic Local Alignment Search Tool — средство поиска основного локального выравнивания) — семейство компьютерных программ, служащих для поиска гомологов белков или нуклеиновых кислот, для которых известна первичная структура (последовательность) или её фрагмент.
Используя BLAST, исследователь может сравнить имеющуюся у него последовательность с последовательностями из базы данных и найти последовательности предполагаемых гомологов.
Является важнейшим инструментом для молекулярных биологов, биоинформатиков и систематиков.

Классификация программ серии BLAST
Нуклеотидные
предназначены для сравнения изучаемой нуклеотидной последовательности с базой данных секвенированных нуклеиновых кислот и их участков:
blastn — медленное сравнение с целью поиска всех сходных последовательностей и др.
megablast — быстрое сравнение с целью поиска высоко сходных последовательностей,
dmegablast — быстрое сравнение с целью поиска дивергировавших последовательностей, обладающих незначительным сходством,

Классификация программ серии BLAST
Белковые
предназначены для сравнения изучаемой аминокислотной последовательности белка с имеющейся базой данных белков и их участков.
blastp — медленное сравнение с целью поиска всех сходных последовательностей,
cdart — сравнение с целью поиска гомологичных белков по доменной архитектуре,
rpsblast — сравнение с базой данных консервативных доменов,
psi-blast — сравнение с целью поиска последовательностей, обладающих незначительным сходством,
phi-blast — поиск белков, содержащих определённый пользователем паттерн и др.

Классификация программ серии BLAST
Транслирующие
способны транслировать нуклеотидные последовательности в аминокислотные:
blastx — переводит изучаемую нуклеотидную последовательность в кодируемые аминокислоты, а затем сравнивает её с имеющейся базой данных аминокислотных последовательностей белков,
tblastn — изучаемая аминокислотная последовательность сравнивается с транслированными последовательностями базы данных секвенированных нуклеиновых кислот,
tblastx — переводит изучаемую нуклеотидную последовательность в аминокислотную, а затем сравнивает её с транслированными последовательностями базы данных секвенированных нуклеиновых кислот.

Классификация программ серии BLAST
Геномные
предназначены для сравнения изучаемой нуклеотидной последовательности с базой данных секвенированного генома какого-либо организма (человека, мыши и др.)
magicblast — картирует прочтения (риды) на полный геном или транскриптом.

Задачи
Найти в ГенБанке нуклеотидную последовательность гена (части гена) инсулина человека https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/
С помощью программы blastn найти в нуклеотидном виде гомологи этой последовательности https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
Создать новый файл с расширением .fasta в программе UltraEdit
Выбрать среди найденных гомологов несколько от пяти разных видов организмов
Открыть их нуклеотидную последовательность в формате FASTA