Технологии секвенирования 2018 года

Содержание

Слайд 2

James Watson (left) receives a digital copy of his genome sequence from

James Watson (left) receives a digital copy of his genome sequence from
Jonathan Rothberg in May 2007.

Dr. James Watson, co-discoverer of the DNA helix and father of the Human Genome Project, became the first human to receive the data encompassing his personal genome sequence at Baylor College of Medicine in Houston in
May 31, 2007.

Project «Jim»
(первый индивидуальный геном, 2005...2007)

Слайд 3

https://www.genomicsengland.co.uk/the-100000-genomes-project-by-numbers/

The 100 000 Genomes Project
(2013 - 2018)

https://www.genomicsengland.co.uk/the-100000-genomes-project-by-numbers/ The 100 000 Genomes Project (2013 - 2018)

Слайд 4

https://www.broadinstitute.org/journalists/logos-graphics

День ДНК в США
(2018 г.)

https://www.broadinstitute.org/journalists/logos-graphics День ДНК в США (2018 г.)

Слайд 5

1 000 000 геномов (PMI)
(2016 - 2018)

https://obamawhitehouse.archives.gov/precision-medicine

1 000 000 геномов (PMI) (2016 - 2018) https://obamawhitehouse.archives.gov/precision-medicine

Слайд 6

1 000 000 китайских геномов
(2018 - 2019 г.г.)

https://www.nextbigfuture.com/2017/11/china-province-of-jiansu-will-genome-sequence-one-million-people-within-two-years.html

1 000 000 китайских геномов (2018 - 2019 г.г.) https://www.nextbigfuture.com/2017/11/china-province-of-jiansu-will-genome-sequence-one-million-people-within-two-years.html

Слайд 7

China PMI
(100 000 000 геномов; $9,2; 2017 - 2030)

https://www.presstv.com/Detail/2016/09/22/485893/China-national-gene-bank

China National GeneBank (CNGB)

China PMI (100 000 000 геномов; $9,2; 2017 - 2030) https://www.presstv.com/Detail/2016/09/22/485893/China-national-gene-bank China National GeneBank (CNGB)

Слайд 8

Геномные проекты

Human genomics projects and precision medicine / F. Carrasco-Ramiro, R. Peiró-Pastor,

Геномные проекты Human genomics projects and precision medicine / F. Carrasco-Ramiro, R.
B. Aguado
Gene Therapy (2017) 24, 551–561

Слайд 9

“Нацпроекты”

Saudi human genome project (SGP) ~ 33 млн. геномов
Qatar genome project (QGP) ~

“Нацпроекты” Saudi human genome project (SGP) ~ 33 млн. геномов Qatar genome
0,3 млн. геномов
Iceland’s Genome Project ~ 0,3 млн. геномов
Korea's Personal Genome Project ~ 51 млн. геномов
Dubai Genomics ~ 3 млн. геномов

Слайд 10

Ещё «немного» китайских геномов
(100 + 200 + 500 тысяч)

http://gdp.bgi.com/page/index/en/

Ещё «немного» китайских геномов (100 + 200 + 500 тысяч) http://gdp.bgi.com/page/index/en/

Слайд 11

Китайские секвенаторы

Китайские секвенаторы

Слайд 12

Секвенаторы компании Illumina

Illumina Investor Presentation
May 3, 2018

Секвенаторы компании Illumina Illumina Investor Presentation May 3, 2018

Слайд 13

Американские секвенаторы

NovaSeq 6000

iSeq 100

Американские секвенаторы NovaSeq 6000 iSeq 100

Слайд 14

Секвенаторы 2018 года

NovaSeq 6000

iSeq 100

100 Gbp

10 Gbp

1 Tbp

MGISEQ-200

MinION

GridION X5

PromethION

MinION Dx

MGISEQ-2000

Секвенаторы 2018 года NovaSeq 6000 iSeq 100 100 Gbp 10 Gbp 1

Слайд 15

Британские секвенаторы

SmidgION

MinION

Flongle

GridION

PromethION

Британские секвенаторы SmidgION MinION Flongle GridION PromethION

Слайд 16

Вес – 78 г
Мощность – 1 Вт
Размеры – 105х23х33 мм
Количество нанопор –

Вес – 78 г Мощность – 1 Вт Размеры – 105х23х33 мм
до 512 (2048)
Интерфейс – USB 3.0 (до 5 Gbps)
Стоимость проточной ячейки - $500…$900
Производительность – 10…20 Gbp за 48 часов

Слайд 17

Вес – 10 кг
Мощность – 600 Вт
Размеры – 360х200х360 мм
Количество нанопор –

Вес – 10 кг Мощность – 600 Вт Размеры – 360х200х360 мм
до 512х5
Стоимость проточной ячейки - $299…$900
Производительность – 50…100 Gbp за 48 часов

Слайд 19

Технологии секвенирования 2018 года

Флуоресцентная
(мультимолекулярная)

Нанопоровая
(мономолекулярная)

до 150 п.н. до 100 п.н.
или до 150х2

Технологии секвенирования 2018 года Флуоресцентная (мультимолекулярная) Нанопоровая (мономолекулярная) до 150 п.н. до
п.н. или до 100х2 п.н.

Длина чтения:

Точность чтения:
99,9% (>80% ридов)

Средняя длина чтения:

10 000 … 100 000 п.н. (до 1 000 000 п.н.)

Точность чтения:
~ 90% (2D/1D2 ~95%)

Количество ридов:
до 20х109 до 3х109

Количество нанопор:
MinION PromethION
512 (2048) 3000 (6000)

Основная мишень:
SNP
(single nucleotide polymorphism)

Основная мишень:
CNV
(copy number variations)

Слайд 20

Геномная геополитика
(2018 год)

Обладание технологиями геномного секвенирования -
прерогатива сверхдержав.
«Россия была и

Геномная геополитика (2018 год) Обладание технологиями геномного секвенирования - прерогатива сверхдержав. «Россия
будет сверхдержавой. Или России не будет.»
(Яков Кедми)
Если Россия хочет оставаться сверхдержавой, то она должна
обладать технологиями геномного секвенирования.

Слайд 21

Закупка №0195100000218000261

http://www.zakupki.gov.ru/epz/order/notice/ok44/view/common-info.html?regNumber=0195100000218000261

Закупка №0195100000218000261 http://www.zakupki.gov.ru/epz/order/notice/ok44/view/common-info.html?regNumber=0195100000218000261
Имя файла: Технологии-секвенирования-2018-года.pptx
Количество просмотров: 30
Количество скачиваний: 0