двух участков: Тебердинского (66 059 га) и Архызского (19 270 га), а также биосферного полигона, площадью 27 277 га, который соединил два кластерных участка заповедника между собой и с территорией Кавказского биосферного заповедника. Таким образом, общая площадь Тебердинского биосферного заповедника 112606 га.
31,7 % — территории занимают леса, 20 % — луга, 8,5 % — ледники, 38,4 % — скалы и осыпи, 0,7 % — воды.
В заповеднике насчитывается около 180 озёр. Славятся красотой, в частности, Бадукские озёра. Максимальная глубина озёр 30—50 м. Почти все озёра находятся на высотах свыше 2000 м.