Слайд 2Генетический код – это
Способ записи информации о первичной структуре белков через
![Генетический код – это Способ записи информации о первичной структуре белков через](/_ipx/f_webp&q_80&fit_contain&s_1440x1080/imagesDir/jpg/396236/slide-1.jpg)
последовательность нуклеотидов ДНК и РНК
= «Словарь» перевода с языка нуклеиновых кислот на язык белков.
Слайд 3Каким должен быть дуплетный код
Число возможных дуплетов = 16
Им можно закодировать
![Каким должен быть дуплетный код Число возможных дуплетов = 16 Им можно](/_ipx/f_webp&q_80&fit_contain&s_1440x1080/imagesDir/jpg/396236/slide-2.jpg)
не более 15 а.к.
один из дуплетов – на СТОП-кодон
Слайд 4Наш метод создания кода:
Выбрали белки лизоцим (129 а.к.) и миоглобин (154 а.к.);
Разделили
![Наш метод создания кода: Выбрали белки лизоцим (129 а.к.) и миоглобин (154](/_ipx/f_webp&q_80&fit_contain&s_1440x1080/imagesDir/jpg/396236/slide-3.jpg)
а.к. на две группы:
а) обязательно кодируемые
б) с похожими радикалами
Посмотрели, какие а.к. наиболее часто встречаются в данных белках;
Подобрали дуплеты и а.к. так, чтобы коэффициент q был как можно больше.
Слайд 5Проблема глицина:
считать глицин полярной или неполярной а.к.?
Мы считали неполярной, потому что:
Gly –
![Проблема глицина: считать глицин полярной или неполярной а.к.? Мы считали неполярной, потому](/_ipx/f_webp&q_80&fit_contain&s_1440x1080/imagesDir/jpg/396236/slide-4.jpg)
п: qтр=1,16
Gly – н/п: qтр=1,28
Слайд 7Знаком начала гена мы выбрали
СТАРТ-кодон АУ
кодирует Мет, а в начале гена
![Знаком начала гена мы выбрали СТАРТ-кодон АУ кодирует Мет, а в начале](/_ipx/f_webp&q_80&fit_contain&s_1440x1080/imagesDir/jpg/396236/slide-6.jpg)
фМет.
(в триплетном АУГ)
Знак окончания гена –
СТОП-кодон УА
(в триплетном УАА, УАГ, УГА)
Слайд 9Свойства дуплетного кода:
Отсутствие межкодонных знаков препинания
Наличие межгенных знаков препинания
Однозначность
Неперекрываемость
Дуплетность
Нет вырожденности (избыточности)
Экономичность (на
![Свойства дуплетного кода: Отсутствие межкодонных знаков препинания Наличие межгенных знаков препинания Однозначность](/_ipx/f_webp&q_80&fit_contain&s_1440x1080/imagesDir/jpg/396236/slide-8.jpg)
белок той же длины нужно меньше ДНК)
Слайд 10Сравним эти два кода – построенный нами дуплетный и стандартный триплетный
Один из
![Сравним эти два кода – построенный нами дуплетный и стандартный триплетный Один](/_ipx/f_webp&q_80&fit_contain&s_1440x1080/imagesDir/jpg/396236/slide-9.jpg)
самых важных параметров - помехоустойчивость
Слайд 11Помехоустойчивость
X Y
1 2
Консервативная замена – не меняет класс аминокислоты
Радикальная замена
![Помехоустойчивость X Y 1 2 Консервативная замена – не меняет класс аминокислоты](/_ipx/f_webp&q_80&fit_contain&s_1440x1080/imagesDir/jpg/396236/slide-10.jpg)
– меняет класс аминокислоты
Слайд 12Гидрофобные (неполярные)
Классификация аминокислот по полярности радикала
Гидрофильные
Полярные
Заряженные (ионы)
+
─
![Гидрофобные (неполярные) Классификация аминокислот по полярности радикала Гидрофильные Полярные Заряженные (ионы) + ─](/_ipx/f_webp&q_80&fit_contain&s_1440x1080/imagesDir/jpg/396236/slide-11.jpg)
Слайд 13Подсчёт коэффициента помехоустойчивости (q).
Число радикальных замен = 40,
А консервативных - 44,
![Подсчёт коэффициента помехоустойчивости (q). Число радикальных замен = 40, А консервативных -](/_ipx/f_webp&q_80&fit_contain&s_1440x1080/imagesDir/jpg/396236/slide-12.jpg)
Учитывая, что глицин – неполярная аминокислота и не включая кодон УА
q = 44/40 = 1,1.
Слайд 14Недостатки дуплетного кода:
Таким кодом невозможно закодировать больше, чем 15 аминокислот.
Возможный путь преодоления:
![Недостатки дуплетного кода: Таким кодом невозможно закодировать больше, чем 15 аминокислот. Возможный путь преодоления: Посттрансляционная модификация](/_ipx/f_webp&q_80&fit_contain&s_1440x1080/imagesDir/jpg/396236/slide-13.jpg)
Посттрансляционная модификация
Слайд 15Molecular Cell Biology
Harvey Lodish et al.
Примеры пострансляционной модификации аминокислот
![Molecular Cell Biology Harvey Lodish et al. Примеры пострансляционной модификации аминокислот](/_ipx/f_webp&q_80&fit_contain&s_1440x1080/imagesDir/jpg/396236/slide-14.jpg)
Слайд 16Недостатки дуплетного кода:
Коэффициент помехоустойчивости (q) меньше, чем у триплетного кода (qтр~1,28, а
![Недостатки дуплетного кода: Коэффициент помехоустойчивости (q) меньше, чем у триплетного кода (qтр~1,28,](/_ipx/f_webp&q_80&fit_contain&s_1440x1080/imagesDir/jpg/396236/slide-15.jpg)
qдп~1,1)
Нет вырожденности (избыточности).