Im Zuge der zahlreichen Restaurierungen im 16. und 17. Jahrhundert wurde die Kathedrale jedoch immer wieder neu gestaltet. Die Kapelle zu Ehren des Basilius des Seligen, dem das Gesamtbauwerk seinen heutigen Namen verdankt, wurde erst im Jahre 1588 über dessen Grab an der östlichen Seite der Kathedrale errichtet.
Im 17. Jahrhundert kamen weitere asymmetrische Nebengebäude hinzu, die Haupteingänge wurden überdacht und mit zahlreichen Verzierungen versehen, acht der goldenen Kuppeln wurden durch die heutigen ersetzt, und der einheitliche weiße Putz wich dem Zusammenspiel aus Weiß und Rot. Auch im Innern der Kathedrale kamen zahlreiche Ornamente neu hinzu.