BLAST:

BLAST – алгоритм для нахождения участков локального сходства между последовательностями.
Алгоритм сравнивает входную последовательность с последовательностями в базе данных, ищет сходные последовательности в базе данных и оценивает статистическую значимость находок.

Protein BLAST: поиск аминокислотной последовательности в базе данных белков
Алгоритмы
blastp
psi-blast
phi-blast
Здесь описан интерфейс, установленный на «родине» BLAST: National Center for Biotechnology Information (NCBI) в США,
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/

вводим последовательность
база данных
организм (если надо ограничить)
дополнительные параметры
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/ → protein blast

Параметры сервиса
максимальный размер выдачи
порог на E-value
параметры выравнивания
борьба с «участками малой сложности»

Участок малой сложности
Ищем: белок P02929
если отключить “Compositional adjustments” и фильтр, то одной из находок (18-ой от начала) будет следующее:
в исходном белке имеется участок, содержащий очень много пролина и глутаминовой кислоты
Данное выравнивание не свидетельствует о гомологии, несмотря на хорошее значение E-value (10-9)

выбираем formatting options
подтверждаем выбор
Переход к текстовому виду
Чтобы увидеть выдачу самой программы (а не его обработку интерфейсом), можно поступить так:

Что выдает BLAST?
Набор последовательностей, сходных с входной последовательностью
для каждой находки приведены
E-value (“Expect”), Bit Score и Score
процент идентичности, сходства (Positives) и пробелов (Gaps) в выравнивании
информация о найденной последовательности

Length=129
Score = 78.6 bits (192), Expect = 9e-15, Method: Compositional matrix adjust.
Identities = 34/73 (47%), Positives = 50/73 (68%), Gaps = 0/73 (0%)
Query 17 YRLEEVQKHNNSQSTWIIVHHRIYDITKFLDEHPGGEEVLREQAGGDATENFEDVGHSTD 76
Y EEV +H W+I++ ++Y+I+ ++DEHPGGEEV+ + AG DATE F+D+GHS +
Sbjct 11 YTHEEVAQHTTHDDLWVILNGKVYNISNYIDEHPGGEEVILDCAGTDATEAFDDIGHSDE 70
Query 77 ARALSETFIIGEL 89
A + E IG L
Sbjct 71 AHEILEKLYIGNL 83
Выравнивание, выданное BLAST
Вес в битах
Вес
E-value
Число совпадений
Длина выравнивания
Длина найденного белка