Багдадский университет на юридический факультет, но его подвели плохое знание английского языка и низкие оценки. В итоге, в 1996 году аль-Багдади окончил курс исламоведения в Багдадском университете, где, по словам однокурсников, отличался замкнутостью и отсутствием друзей. В 1999 году в Исламском университете Ирака ему была присвоена степень магистра.
В 2000 году аль-Бадри поселился в маленькой квартире в бедном районе Багдада, рядом с мечетью. За четыре года он сменил двух жен и стал отцом шестерых детей. Зарабатывал на жизнь, обучая детей чтению Корана и призывая правоверных к молитве.