Кода необходимо детектировать НК

ДНК-диагностика:
наследственные заболевания;
генетическая предрасположенность;
бесплодие и вынашивание беременности;
онкологические заболевания;
определение совместимости донора и реципиента.
Экспертизы:
установление биологического родства, генетическая экспертиза
отцовства;
ПЦР-диагностика инфекционных заболеваний

Выделение и очистка НК
Этапы выделения геномной ДНК:
-Приготовление образца
разное для разных тканей, для культуры клеток
млекопитающих и для бактериальных клеток
-Лизис клеток
(необходимо избегать фрагментации длинных молекул ДНК
за счет механической деструкции или действия эндогенных нуклеаз)
Механическое разрушение
Химическая обработка (например, лизис с помощью
детергентов или хаотропных агентов)
Ферментативное расщепление белков (например, с помощью протеиназы К)
Фенольная или фенольно- хлороформная экстракция
-Отделение от белков и др.молекул
Центрифугирование, осаждение этанолом

Silica
Выделение и очистка ДНК
DNA binds selectively to silica in the presence of high concentrations of chaotropic salts (e.g., guanidinium HCl).
Protein does not bind under these conditions.
Silica membranes or columns are washed with an alcohol-based solution to remove the salts.
DNA is eluted from the membrane with a low-ionic-strength solution, such as a low-salt buffer or water.
Advantages
Fast purification
Amenable to automation
No centrifugation required (can use vacuum)
No organic solvents or precipitation steps

Выделение и очистка РНК
Этапы выделения РНК
Выделение мРНК

Количественное определение НК
Принципы спектрофотометрического определения НК
2) Определение с помощью флуоресцирующих красителей
Стандартные методы определения общего содержания НК:
Для решения разных задач методы определения НК варьируют от определения общего содержания НК до определения одной молекулы или даже одного гена.

Закон Бера
(соотношение между количеством поглощающего вещества
и величиной поглощения)
I – интенсивность прошедшего света,
I0 – интенсивность падающего света
c – концентрация, моль/л
l – длина оптического пути, см
ε – молярный коэффициент экстинкции, М-1см-1
А - поглощение
Однолучевой спектрофотометр:

Чистые препараты ДНК характеризуются величинами отношения А260/А280 1.8, а
А260/А280 для чистой РНК = 2.0
λ макс НК = 260 нм
А260 = 1, кювета 1см
50 мкг/мл, двухцепочечной ДНК
40 мкг/мл одноцепочечной ДНК и РНК
Определение по поглощению при 260 нм
Синтетические олигонуклеотиды:

Определение по флуоресценции
High-sensitivity fluorescence methods are also available (определяется 25 pg/ml)
PicoGreen® method. Mix sample with reagent, wait 5 minutes and read with a fluorimeter.
Lower sensitivity methods
Estimation of concentration based on comparison to a known concentration standard on an agarose gel.
Standard
DNA
Sample

Определение по флуоресценции этидий бромида
EthdBr 1мкг/мл
Определение 10-50 нг ДНК и РНК в геле
Определение размера ДНК
Оценка концентрации путем сравнения со стандартом
Новый краситель - SYBR Green:
Механизм:
разгорание флуоресценции при
интеркалировании красителя
в двойную спираль
λ фл 590
λфл 520 nm
Определение 10-50 нг ДНК и РНК в геле
Определение размера ДНК
Оценка концентрации путем сравнения со стандартом

Mullis and Faloona, 1987. Specific
synthesis of DNA in vitro via a
polymerase-catalyzed chain reaction.
Nobel Prize 1993
Полимеразная цепная реакция
ПЦР - многократное избирательное копирование определённого участка ДНК (в том числе и из смеси ДНК) при помощи ДНК-полимеразы и двух олигонуклеотидных затравок.
.
Мишени для ПЦР:
Следы крови
Один волос
Соскоб из-под ногтей
Насекомые в янтаре
Египетские мумии
Зубная щетка
Зуб неандертальского ребенка
Kary Mullis
Используется для
амплификации определенного участка ДНК
введения мутаций в ДНК
диагностики заболеваний (наследственных, инфекционных)
установления отцовства
клонирования генов, выделения новых генов.
Затравки (праймеры) комплементарны
определенному участку в разных цепях ДНК

Схематическое изображение амплификации ДНК:
1 – денатурация при 96 оC;
2 – отжиг при 68 oC;
3 – удлинение при 72 oC;
4 – окончание первого цикла.
(P – Taq-ДНК-полимераза). Две образующихся цепи ДНК являются
шаблоном для следующего цикла. Таким образом, происходит удваивание количества ДНК в каждом новом цикле.
Taq-ДНК-полимераза – полимераза из термофильных бактерий
Полимеразная цепная реакция

Обычно 20—35 циклов .
Теоретически количество продукта = 2n , где n – количество циклов
Агарозный гель продуктов ПЦР
(прокрашен этидий бромидом)
Дорожки:
М-маркеры
1-отрицательный контроль
2-5- пробы, в которых нет амплификации ДНК-мишени
6-7- пробы, в которых есть амплификация ДНК-мишени
8- положительный контроль

Определение РНК
RT-PCR – ПЦР с обратной транскрипцией
Обратная транскрипция:
получение ДНК, комплементарной вирусной РНК-матрице, для чего используют специфические праймеры к РНК и фермент – РНК-зависимую ДНК-полимеразу (обратную транскриптазу).
1-ый этап – получение ДНК-копии путем обратной транскрипции
2-ой этап - ПЦР кДНК
Обратная транскрипция

ПЦР в медицинской диагностике
ДНК
определение в образце всего нескольких молекул ДНК, например, ДНК - возбудителя какого-либо заболевания (бактериальные, грибковые, вирусные инфекции)
ДНК-диагностика различных заболеваний (пренатальная диагностика и др.)
РНК ПЦР-анализ РНК-содержащих вирусов

Определение количества НК с помощью ПЦР
в реальном времени (ПЦР-РВ,Q-PCR)
ПЦР-РВ ( количественная ПЦР в реальном времени) – методика, базирующаяся на ПЦР. Особенности и отличия от ПЦР:
наряду с амплификацией ДНК определяется ее количество. Определяется абсолютное или относительное (когда нормализуют к количеству ДНК на входе) количество копий.
амплифицированная ДНК определяется по мере прохождения реакции в реальном времени после каждого цикла амплификации. При ПЦР – в конце реакции.
не требуется проведения электрофореза
автоматическая регистрация и интерпретация полученных результатов
В ПЦР-РВ НК используют два основных подхода , включающие:
— неспецифические флуоресцентные красители, интеркалирующие в любое место в двуцепочечных молекулах ДНК
SybrGreen, EthdBr
— специфические модифицированные олигодезоксинуклеотиды (ДНК-зонды), которые флуоресцируют после гибридизации с комплементарными участками ДНК.
TaqMan Assay
Мolecular beacons

Метод гидролизуемых зондов или Taqman
Принцип детекции ПЦР-продуктов с использованием зондовTaqman. Ф – флуорофор. Г – гаситель

Использование зондов с комплементарными концевыми последовательностями (molecular beacons)
Принцип детекции ПЦР-продуктов с
использованием зондов Molecular Beacons. Ф – флуорофор. Г – гаситель
Внутренняя область зондов содержит
нуклеотидную последовательность, комплементарную амплифицируемой области.

Использование интеркалирующих агентов
Принцип детекции ПЦР-продуктов с
использованием интеркалирующих
красителей
Кривые плавления
Плавление продуктов амплификации

Обработка данных (в случае интеркалирующих красителей)
Возрастание флуоресценции пропорционально количеству ДНК-мишени.
CТ (пороговый цикл) – пересечение кривой амплификации и пороговой линии (коли-
чество циклов, необходимых для достижения порога). Он является относительной мерой концентрации ДНК-мишени в реакции ПЦР.
CТ обратно пропорционально логарифму первоначального количества ДНК-мишени.

ПЦР-РВ может быть использован для количественного определения НК
двумя путями: относительное или абсолютное количество.
Относительное количество базируется на нормализации экспрессии изучаемых генов к экспрессии внутренних стандартных генов. В качестве стандартов выбраны гены, экспрессия которых не меняется в разных условиях и образцах ( напр., ген актина).
Абсолютное количество дает точное число молекул ДНК-мишени путем
сравнения со стандартной ДНК (известной концентрации).
Определение концентрации ДНК/РНК с использованием ПЦР-РВ
Определение «порогового» цикла для исследуемых проб.
Использование стандартных растворов ДНК для построения
калибровочной кривой.
Расчет исходной концентрации НК.

Изучение экспрессии генов. Определение количества мРНК.
Определение количества некодирующих РНК
Применение ПЦР-РВ в фундаментальных исследованиях
Применение ПЦР-РВ в медицине
количественные измерения ДНК и РНК инфекционных агентов
мониторинг эффективности проводимой терапии, оценка
клинического прогноза

Гибридизация НК
Схема образования водородных связей в уотсон-криковских
парах оснований
Схема гибридизации иммобилизованной ДНК
с олигонуклеотидным зондом
Обнаружение НК гибридизацией

Примеры детекции НК через гибридизацию
НК на мембране
гибридизация с зондом, несущим биотин
образование прочного комплекса биотин-стрептавидин (стрептавидин «пришит» к
ферменту HRP - пероксидазе хрена)
хемолюминесценция (катализатор - пероксидаза хрена)
Зонд метится какой-либо репортерной группой:
радиоактивным изотопом,
флуорофором,
ферментом, дающим окрашенный или люминесцирующий продукт

Блоттинг
От англ. blotting - промокашка
Саузерн-блоттинг (Southern,1975) – перенос ДНК на носитель (нитроцеллюлозный фильтр);
Нозерн (Nothern)-блоттинг –
перенос РНК;
Вестерн (Western) -блоттинг –
перенос белка
Схема проведения гибридизации
ДНК по Саузерну

SOUTHERN BLOTTING
Restriction endonuclease fragments of DNA are separated by gel electrophoresis. Specific DNA fragments are then identified
by hybridization with an appropriate probe.
Схема проведения гибридизации
ДНК по Саузерну

Обнаружение РНК с помощью Нозерн-блоттинга

Примеры детекции НК через гибридизацию. Изучение динамики поведения ДНК и РНК.
Синтетические ДНК-зонды, которые флуоресцируют при связывании с одноцепочечной ДНК-мишенью.