Молекулярная дифференциация изолятов Phytophthora infestans методом RAPD ПЦР

Целями данной работы были:
молекулярная дифференциация природных изолятов P. infestans методом RAPD ПЦР
Расчёт коэффициентов генетического сходства между различными штаммами патогена

Phytophthora infestans – экономически значимый
патоген
картофеля во всём мире
Оомицет P. infestans является патогеном, вызывающим фитофтороз растений семейства паслёновых; его считают одним из наиболее важных патогенов картофеля во всём мире. Патоген отличается способностью быстро уничтожать целые поля томатов и картофеля.

Генетический полиморфизм Phytophthora infestans
Изучение генетического полиморфизма P. infestans имеет важное прикладное значение, поскольку определение различных генетических особенностей патогена на той или иной территории позволяет выбрать наиболее оптимальный метод контроля заболевания, а также спрогнозировать его распространение

Методы, применяемые в изучении генетического полиморфизма P. infestans
AFLP анализ
RAPD анализ
RFLP анализ
Изучение гаплотипов митохондриальной ДНК

Штаммы микроорганизмов, использованных в работе
В работе были использованы следующие штаммы; P. infestans 3/032, 3/033, ДК1, ДаСК4 11.01, ДаСК4 26.01, ЗарСК1. Штаммы любезно предоставлены научно-исследовательским институтом картофелеводства НАНБ.

Методы, использованные в работе
Выделение тотальной ДНК из P. infestans
Электрофорез молекулярной ДНК в агарозном геле
Полимеразная цепная реакция (RAPD анализ)

RAPD – паттерны штаммов P. infestans, полученные с праймерами C12 (А),C13(Б),С5(В)
А
Б
В

Коэффициенты генетического сходства,, (нижний треугольник) и количество полиморфных фрагментов (верхний треугольник) между проанализированными штаммами P. infestans

Дендрограмма, отражающая филогенетические отношения между штаммами P. infestans
ДаСК4 11. 01
ЗарСК1
ДаСК4 26.01
ДК1
3/032
3/033

Выводы, сделанные в работе
Компьютерная программа PAST при изучении филогенетического родства штаммов P. infestans позволяет получать корректные данные, которые подтверждаются данными географического распределения.
Проанализированные штаммы P. infestans характеризуются высоким уровнем генетического полиморфизма (27,2 – 93,9 %), а также обнаруживают достаточно высокую генетическую разнородность (коэффициенты генетического сходства варьируют от 0,566038 - 0,881356).
На основании коэффициентов генетического сходства, и построенной дендрограммы штаммы можно разделить на две группы, в группу 1 включены штаммы P. infestans 3/032, 3/033, ДК1; в группу 2 штаммы ДаСК4 11. 01, ЗарСК1, ДаСК4 26.01.