Программа MEME

Локальное выравнивание довольно часто имеет больший биологический смысл, чем глобальное
МЕМЕ – наиболее популярная программа множественного локального выравнивания
MEME находит блоки, т.е.участки локальных выравниваний без гэпов

Онлайн форма MEME
Следует заполнить:
Email
Загрузить файл с последовательностями в FASTA-формате (или paste в текстовое поле)
Указать, сколько раз найденный блок может встречаться в заданном выравнивании
Один
От нуля до одного
Любое число раз

Основные результаты MEME
Для каждого блока
SEQUENCE LOGO
log likelihood ratio(LLR)
E-value
p-value
PSSM (position-specific scoring matrix
PSPM (position-specific probability matrix)

MEME vs Muscle
Блоки MEME не обязательно во всех последовательностях
Блоки MEME могут не совпадать с выравниванием Muscle

PSSM
(position-specific scoring matrix)
LQEHFHC
LQEFFHC
LECYFGS
1234567

Motif file name: MEME motifs from sequences in file pasted_sequences.
Number of motifs: 1
Total motif columns: 46
Motif alphabet: PROTEIN
Database to search: Protein Data Bank (peptide and nucleotide) (pdb.aa)
Displaying sequences with E-value < 10
Motif display threshold: motif p-value < 0.0001