iEI for excerption process

Текущая версия iEI – 3.83.418.0
Установка:
а)MarvinSketchJChem_NET_API_18.8.0.exe
Copy license file license.cxl to C:\Users\
\chemaxon.
Copy AttachDataDialog.xml to the folder C:\Users\
\chemaxon
Copy file customization.xml into C:\Users\
\chemaxon\18.8.0
б) iEI.Setup.msi
На рабочем столе появится иконка
Рабочие файлы программы iEI – всегда архивы с расширением .zip
Исходный файл us_2021_10926246_b2.rdm.001.zip
после обработки программой us_2021_10926246_b2.iei.002.internal.zip и us_2021_10926246_b2.iei.002.zip

Начало работы.Введение личного и группового кода
Меню - Extras
Любой трехзначный
nickname
Обязательно
SPb
Статьи
Патенты
Обязательно V
Обязательно VVV

Импорт файла.
Используйте команду Import
Одновременно можно открыть не более 2 файлов
секция Recent: содержатся ссылки на недавние работы в хронологическом порядке (сами файлы находятся в папке …My Documents\My iEI).
Start page

Pre-excerpted
Pre-excerpted changed
Manually entered
Окно программы и некоторые обозначения
Prophetic compound
Markush compound
C2-compound
B-compound
C1-compound
A-compound
Working pane
Reading pane
Navigation tree

Вкладки и виды

Меню Options
Linked data
Откройте Edit->Options->Linked data
Рекомендуется поставить галочки на Assigned facts and Reactions

Меню Options
Edit->Options->Compounds and Edit->Options->Reactions можно включить/отключить всплывающие окна структур и реакций

Настройка времени автосохранения
Откройте Edit->Options->Save
Выберите время автосохранения
Данные будут сохраняться через выбранный промежуток времени. На большом файле частое сохранение может тормозить работу.

Online update
Edit->Options->Online update
Ничего не менять в настройках этой вкладки
Автоматический апдейт при запуске программы
Если не закрывали программу сутки, попросит сделать апдейт перед финальным экспортом. Нажать Update now and OK

Типы веществ. Реакции. Маски.
Используйте вкладки для выбора типа вещества
Используйте иконку контейнера для доступа в Compound Containers

Compound Containers
ReagCat, 3D, RMC – контейнеры Эльзивира, берем соединения и ничего не меняем.
Можно добавлять свои контейнеры.
Чтобы контейнер отображался надо положить файл контейнера на c:\Users\
\AppData\Roaming\iEI\CompoundContainers\3.83.418.0

Проверки (Checks)
Все обязательные проверки объединены в Combined Check
Красные ошибки (error) должны быть исправлены, желтые (warning) – проверены на предмет необходимых изменений
Дубликаты структур удобно проверять через Duplicated structures check

Сохранение сделанной работы
File -> Export for Internal delivery – функция экспорта для сохранения промежуточного этапа работы
Файл сохраняется в директорию, выбранную пользователем.
Формат имени файла – выбранное_имя.iei.002.internal.zip
Работа сохраняется автоматически при закрытии файла или при закрытии iEI.
Открыть последний вариант можно со стартовой страницы дабл-кликом по имени файла
В получившемся zip файле содержится все исходные файлы. Этот файл можно редактировать, закачав его снова в iEI.

File -> Export for final delivery – функция окончательного экспорта для отправки сделанной работы в Elsevier
Перед окончательным экспортом обязательна проверка (Combined Check); если проверки не было, она предлагается автоматически
Zip файл получает правильное наименование автоматически. Менять предлагаемое название на этой стадии нельзя.
(корректный формат имени:
wo_2013_2013006758_a1.iei.002.zip
ap_21622531_2021_00023_---_000811_000820_00_00.iei.003.zip)
Завершение работы
В получившемся zip файле содержится только конечный ssf файл и xml файл со статистикой. Редактировать этот файл в iEI уже нельзя.

Рисование по имени
Скопировать имя
Открыть Марвин (дабл клик по полю структуры)
Вставить имя (ctrl+V)
Марвин нарисует структуру, если может
Проверить, иногда он ошибается
Если не нарисовал, то проверить имя на опечатки
Если не нарисовал, можно попробовать нарисовать в ChemDraw https://chemdrawdirect.perkinelmer.cloud/js/sample/index.html# и cкопировать сруктуру в Марвин

Дескрипторы, коэффициенты в Марвине
По кнопке со скрепкой или меню Structure->Add->Data вызывается окно со стерео дескрипторами
Там же коэффициенты
Надо выделть структуру (ctrl+A или кнопкой в левом верхнем углу), потом кнопка со скрепкой
Настроить Марвин, чтобы показывал конфигурацию View->Stereo->E/Z labels, R/S labels-All

Возможность работы с несколькими выделенными объектами
Выделить с использованием левого клика мыши+ Ctrl или Shift
При нажатии Delete – удалить все выбранные объекты
При использовании Copy/Paste – скопировать и вставить
Если предварительно скопировать в буфер группу масок – можно вставить эту группу целиком в каждое из выбранных IDE
По правой кнопке мыши – Replicate compound
Можно реплицировать соединение нужное количество раз с нужными фактами

Особенности заведения/удаления стартовых веществ и продуктов RX
Чтобы создать новый compound control, используйте Ctrl-Tab
Чтобы удалить ненужный compound control, используйте Ctrl-Delete

Особенности QA View
Отображает заполненные поля
Возможность редактирования
(по правой кнопке мыши)
Возможность вызова MarvinSketch, дабл-клик на структуру-откроется Марвин

Особенности Table View
Выделенное содержимое ячейки (ammonium hydroxide или chloroform-d8) можно
a) Удалить клавишей Delete (не заходя в ячейку)
b) Скопировать (Ctrl-C) и затем размножить на всю колонку или на ее часть (выделив ячейки в колонке и нажав Ctrl-V)
Можно экспортировать таблицу в эксель, там сделать изменения в текстовых полях и вставить столбцы с измененными данными обратно.

Поиск по списку веществ, стартинги, реагенты
Откройте выпадающий список веществ
Начните печатать кусок имени или номера соединения
Список будет сокращаться