Древние обитатели Мальты вырубали в породе всё новые коридоры и гроты, в которых хоронили своих мёртвых. Таким образом общая площадь подземного комплекса составила 480 квадратных метров, в древние времена здесь могло быть похоронено 6-7 тысяч человек. Зачем древним расам нужно было хоронить своих умерших так сложно ученые предполагать даже не пытаются.
Говорят, что одна из камер гипогея имеет проход, теряясь в глубине острова. В 1940 году, несколько молодых людей пролезли в эту камеру и пропали в глубине бесследно. Спустя десять лет, в подземном лабиринте пропали 30 школьников с учителями.
Этот «последний», третий уровень в Гипогее был построен в период когда, создававшая храм цивилизация таинственным образом исчезла с острова.
Фотографировать в гипогее по неясным причинам строго запрещено даже без вспышки