Слайд 2Меры активности
EC50 - полумаксимальная эффективная концентрация, означает концентрацию лиганда, которая вызывает эффект,
![Меры активности EC50 - полумаксимальная эффективная концентрация, означает концентрацию лиганда, которая вызывает](/_ipx/f_webp&q_80&fit_contain&s_1440x1080/imagesDir/jpg/870600/slide-1.jpg)
равный половине максимального возможного для данного лиганда
IC50 - является количественным индикатором, который показывает, сколько нужно лиганда—ингибитора для ингибирования биологического процесса на 50 %
Ki - концентрация конкурентного лиганда, при которой он связывается с половиной мест связывания, имеющихся на реакционном субстрате, при условии отсутствия агониста
Стандартные единицы измерения - nM
Слайд 4Выбираем свою меру активности
![Выбираем свою меру активности](/_ipx/f_webp&q_80&fit_contain&s_1440x1080/imagesDir/jpg/870600/slide-3.jpg)
Слайд 6Is it active ? Probably…
IC50(compound 1) = 1000 nM
IC50(compound 2) = 100000
![Is it active ? Probably… IC50(compound 1) = 1000 nM IC50(compound 2) = 100000 nM](/_ipx/f_webp&q_80&fit_contain&s_1440x1080/imagesDir/jpg/870600/slide-5.jpg)
nM
Слайд 7Как узнать активно соединение или нет?
Посмотреть комментарий исследователя
Приблизительно определить активность используя «стандартные»
![Как узнать активно соединение или нет? Посмотреть комментарий исследователя Приблизительно определить активность используя «стандартные» границы](/_ipx/f_webp&q_80&fit_contain&s_1440x1080/imagesDir/jpg/870600/slide-6.jpg)
границы
Слайд 10pIC50 (pKi, pEC50)
pIC50 = - log(IC50)
Как это работает?
Переводим в моли(М): IC50 =
![pIC50 (pKi, pEC50) pIC50 = - log(IC50) Как это работает? Переводим в](/_ipx/f_webp&q_80&fit_contain&s_1440x1080/imagesDir/jpg/870600/slide-9.jpg)
100,000 nM *10^-9= 10^-4
Находим отрицательный логарифм:
–log(10^-4) = -(-4)log(10) = 4
3. Закономерность: чем выше pIC50, тем активнее средство.
Слайд 11Давайте писать еще больше функций!!
![Давайте писать еще больше функций!!](/_ipx/f_webp&q_80&fit_contain&s_1440x1080/imagesDir/jpg/870600/slide-10.jpg)
Слайд 14«Стандартные» значения для IC50
IC50 < 1000 nM – активный компонент (6.0 и
![«Стандартные» значения для IC50 IC50 IC50 > 10000 nM – неактивный компонент (5.0 и меньше)](/_ipx/f_webp&q_80&fit_contain&s_1440x1080/imagesDir/jpg/870600/slide-13.jpg)
больше)
IC50 > 10000 nM – неактивный компонент (5.0 и меньше)
Слайд 15Введение в RDkit
Молекулярные дескрипторы
![Введение в RDkit Молекулярные дескрипторы](/_ipx/f_webp&q_80&fit_contain&s_1440x1080/imagesDir/jpg/870600/slide-14.jpg)
Слайд 19Идея:
1. Объединить схожие молекулы в кластеры.
2. Найти центральные молекулы каждого кластера.
![Идея: 1. Объединить схожие молекулы в кластеры. 2. Найти центральные молекулы каждого](/_ipx/f_webp&q_80&fit_contain&s_1440x1080/imagesDir/jpg/870600/slide-18.jpg)
3. Построить модель фармакофора
Слайд 20Молекулярные дескрипторы
Одномерные (1D): Растворимость, logP, молекулярная масса
Глобальный дескриптор: одно значение представляет все
![Молекулярные дескрипторы Одномерные (1D): Растворимость, logP, молекулярная масса Глобальный дескриптор: одно значение](/_ipx/f_webp&q_80&fit_contain&s_1440x1080/imagesDir/jpg/870600/slide-19.jpg)
соединение
Обычно недостаточны для применения в машинном обучении (ML)
Может быть добавлен к 2D-дескрипторам для улучшения молекулярного кодирования в ML.
Слайд 22Молекулярные дескрипторы
Двухмерные (2D): молекулярные графы, фрагменты молекул, окружения атомов.
Подробное представление отдельных частей
![Молекулярные дескрипторы Двухмерные (2D): молекулярные графы, фрагменты молекул, окружения атомов. Подробное представление](/_ipx/f_webp&q_80&fit_contain&s_1440x1080/imagesDir/jpg/870600/slide-21.jpg)
молекулы
Обнаружение так называемых отпечатков пальцев (фингерпринтов)
Очень часто используется в поиске сходства между молекулами и машинном обучении
Слайд 23Молекулярные дескрипторы
Основная идея – представить молекулу в виде бит-строки, где каждый бит
![Молекулярные дескрипторы Основная идея – представить молекулу в виде бит-строки, где каждый](/_ipx/f_webp&q_80&fit_contain&s_1440x1080/imagesDir/jpg/870600/slide-22.jpg)
(1 или 0) соответствует наличию/отсутствию определенной структурной части молекулы (MACCS fingerprints)
Слайд 27Git
1. Регистрируемся на GitHub
2. Создаем репозиторий
3. Скачиваем Git на РС
4. Логинимся
5. Клонируем
![Git 1. Регистрируемся на GitHub 2. Создаем репозиторий 3. Скачиваем Git на](/_ipx/f_webp&q_80&fit_contain&s_1440x1080/imagesDir/jpg/870600/slide-26.jpg)
репозиторий (git clone)
6. Копируем файлы проекта в репозиторий на РС
7. Проверяем статус (git status)
8. Добавляем файлы (подготовка коммита) (git add .)
9. Создаем коммит (git commit –m ‘initial commit’)
10. git push