А.Б. Рахманинова (13 апреля 2010 г.) Факультет Биоинженерии и Биоинформатики, 2 курс, весенний семестр Функции Мембранные белки. Транспо

АТФ-синтетаза
Ацетилхолиновый
рецептор

Объекты

Объекты
β-баррель
α-спирали

http://www.tcdb.org/index.php

V.W.X.Y.Z

В чем проблема?
От 15% до 30%
от общего числа белков
— белки
с хотя бы одной
трансмембранной спиралью
Всего ≈59 705
белковых структур.
Мембранных - 217 (0.36% ),
2009

В чем проблема?

von Heijne “the positive-inside rule”

http://opm.phar.umich.edu/

Как оценить качество паттерна или профиля? Или как оценить качество предсказания?

Ошибки……
Ошибки первого рода (FP): отвергается нулевая гипотеза, а она соответствует действительности.
Ошибки второго рода (FN): принимается нулевая гипотеза, а она не верна.
Ошибки третьего рода: справедливо отвергнута нулевая гипотеза на основе неверных соображений.