Популяционнаягенетика - 6

Февраль 15, 2021

Главная
Разное
Популяционнаягенетика - 6

Содержание

2. Факторы эволюции мутации отбор половое размножение генетико-автоматические процессы (генетический дрейф) миграция
3. Как отличить Дарвина от Кимуры?
4. тест Dn/Ds положительный отбор: Dn/Ds > 1 нейтральная эволюция: Dn/Ds = 1 отрицательный отбор: Dn/Ds вид
5. dn/ds тест для отдельных ветвей филогенетического дерева Bazykin et al. PNAS 2006
6. Bush et al. Science 1999
7. Plotkin et al. PNAS 2000
8. Positive selection mapping of HIV-1 protease from 40,000 patient samples. The Ka/Ks value represents the greatest
9. Distances between successive nonsynonymous (Upper) and synonymous (Lower) substitutions on the phylogenetic trees. The mean distance
11. Amino acid sites inferred to be under positive selection in HIV-1 gp120. (A) Amino acid sites
13. тест Dn/Ds положительный отбор: Dn/Ds > 1 нейтральная эволюция: Dn/Ds = 1 отрицательный отбор: Dn/Ds вид
14. Dn/Ds = 0.1: что это значит? selectionstrength
15. Dn/Ds = 0.1: что это значит? selectionstrength
16. Dn/Ds = 0.1: что это значит? selectionstrength selectionstrength
19. Тест Макдональда-Крейтмана
20. kнейтральная ~ u kполезная ~ 2Nus
21. Bazykin et al. Biology Direct 2007
22. Dn/Ds = 0.1: что это значит? selectionstrength selectionstrength
23. Dn/Ds = 0.1: что это значит? selectionstrength selectionstrength selectionstrength
25. Тест Макдональда-Крейтмана Основное объяснение: движущий отбор Альтернативное объяснение: усиление стабилизирующего отбора (напр. из-за увеличения размера популяции)
26. Ometto et al. Mol. Biol. Evol. 2005
27. «Выметание» отбором
28. «Выметание» отбором
29. «Выметание» отбором
30. «Выметание» отбором Вокруг сайта под отбором изменчивости не будет!
31. «Выметание» отбором Hamblin and Di Rienzo, 2000 Am. J. Hum. Genet. 66:1669–1679
32. «Выметание» отбором
33. «Выметание» отбором
34. «Выметание» отбором
35. «Выметание» отбором
36. «Выметание» отбором Вокруг сайта под отбором изменчивость понижена
37. Неравновесие по сцеплению Sabeti et al., 2002 Nature 419:832-837
38. kнейтральная ~ u kполезная ~ 2Nus
39. Lynch et al. Science 2003
40. Lynch et al. PNAS 2007
42. Скачать презентацию

Факторы эволюции
мутации
отбор
половое размножение
генетико-автоматические процессы (генетический дрейф)
миграция

Как отличить Дарвина от Кимуры?

тест Dn/Ds
положительный отбор: Dn/Ds > 1
нейтральная эволюция: Dn/Ds = 1
отрицательный отбор:

Dn/Ds < 1

вид 1 ATG TCC CTA TAC GGA GCT вид 2 ATG TCT CAT TAT AGA GAT

dn/ds тест для отдельных ветвей филогенетического дерева
Bazykin et al. PNAS 2006

Bush et al. Science 1999

Plotkin et al. PNAS 2000

Positive selection mapping of HIV-1 protease from 40,000 patient samples. The Ka/Ks

value represents the greatest selection pressure among all the individual amino acid mutations at each codon. The dotted line indicates the Ka/Ks value of 1 (Ka = dN, Ks = dS)

Distances between successive nonsynonymous (Upper) and synonymous (Lower) substitutions on the phylogenetic

trees. The mean distance between successive nonreversing substitutions is shown for codon sites with each total number of substitutions on the tree (dots). Solid lines present mean distances between successive substitutions within each sliding 30-site window. Dashed lines show mean distances between independent substitutions obtained in simulations.

Bazykin et al. PNAS 2006

Слайд 10

Слайд 11

Amino acid sites inferred to be under positive selection in HIV-1 gp120.

(A) Amino acid sites with >80 replacements. (B) Rapidly evolving sites previously inferred to be under positive selection. (C) Conservative sites (<80 replacements) with strongly clumped substitutions.

Bazykin et al. PNAS 2006