РТУ входят в единую систему таможенных органов и осуществляют оперативное руководство таможенным делом на территории подведомственных регионов.
Таможня входит в единую систему таможенных органов Российской Федерации и осуществляет свою деятельность под общим руководством ФТС России и непосредственным руководством регионального таможенного управления, которому она подчинена.
Таможенный пост входит в единую систему таможенных органов Российской Федерации и осуществляет свою деятельность под общим руководством ФТС и РТУ и под непосредственным руководством таможни либо РТУ (в случае непосредственного подчинения управлению)
.
ФТС России обеспечивает непосредственную реализацию задач в области таможенного дела, единообразие применения таможенного законодательства всеми таможенными органами на территории России.
ФТС также отвечает за обеспечение международных обязательств РФ в области таможенного дела, организацию сотрудничества с таможенными и другими компетентными органами иностранных государств, международными организациями, занимающимися вопросами таможенного дела.
Часть своих задач и функций ФТС России решает непосредственно, а часть через региональные таможенные управления, таможни, таможенные посты и другие подведомственные организации и учреждения.