Возбудители туберкудеза

Почему туберкулез?
По мнению экспертов ВОЗ, в течение ближайших 30 лет туберкулёзом заболеют не менее 90 млн. человек и 30 млн. умрут от этого заболевания. В настоящее время туберкулёзом ежегодно заболевают не менее 9 млн. человек (около 60% приходится на развивающиеся страны). 3-4 млн. человек ежегодно умирают от туберкулёза (женщины составляют 1 млн.). Во Франции до 1991 г. отмечали постоянное снижение заболеваемости туберкулёзом (14,9 на 100 тыс. населения), но уже в 1993г. рост заболеваемости составил 15,4%
в России ежегодно заболевают 145 600 граждан
Нет эффективной вакцины (БЦЖ)
Манту-проба – неспецифична

Возбудитель туберкулеза и его особенности
Mycobacterium tuberculosis – основной возбудитель туберкулеза.
Микобактерии – идеальные паразиты (малый размер генома, мощная устойчивость)
Внутриклеточный паразит
Размножаются медленно (одно деление за 12-20 ч) – скрыые формы
Множество форм бактерий (активные, спящие)

Какие лекарства применяются при лечении туберкулеза и их общие механизмы
Изониазид быстро убивает большое количество активно живущих М. tuberculosis, далее следуют "рифампицин-стрептомицин-пиразинамид".
Для полуспящих М. tuberculosis. - рифампицин и пиразинамид. Они способны убивать М. tuberculosis, пережившие бактерицидное действие изониазида.
При приобретённой лекарственной устойчивости — комбинации препаратов: изониазид и рифампицин, несколько слабее стрептомицин и этамбутол.
В 2006 году стали появляться первые сообщения о туберкулезе с широкой лекарственной устойчивостью (ШЛУ-ТБ), еще более тяжелой форме лекарственно-устойчивого ТБ, чем ТБ с множественной лекарственной устойчивостью (МЛУ-ТБ).
В 2009 году в Иране была зарегистрирована когорта из 15 пациентов с устойчивостью ко всем протестированным противотуберкулезным препаратам
Как решить проблему? Разработать новые лекарства, убивающие клетки бактерии?
Или же разработать препарат, нарушающий работу компонентов клетки, что делает ее чувствительной к обычным лекарствам!!!

Преамбула нашего исследования: что известно априори о MtrA
MtrA – важный белок-регулятор у многих бактерий
У коринебактерий – положительно влияет на резистентность к лекарствам, проницаемость мембран
У Mycobacterium avium помогает приобрести резистентность к лекарствам
У M.tuberculosis снижает скорость размножения, связываясь с мотивом перед геном dnaA (показано в биологическом эксперименте). DnaA - один из регуляторов скорости размножения бактерий

Наша гипотеза
Ключевая мысль: можем ли мы использовать подавители MtrA для комплексного лечения туберкулеза?
Известно, что MtrA влияет на ряд признаков (см. предыдущий слайд). Влияет через dnaA только, либо есть непосредственное влияние?
Если напрямую, то, очевидно, через тот же мотив, что стоит перед MtrA!
Мотив CACGCCG – основной для посадки MtrA, с ним белок связывается даже в небольшой концентрации. С вариантами этого мотива (немного отличаются от этого) – нужна большая концентрация (это мы тоже знаем из эксперимента)
Есть ли такой мотив (все его варианты) перед другими генами M.tuberculosis? Перед какими?
Есть ли среди этих генов те, которые могут влиять на чувствительность к лекарствам?
Может ли MtrA использоваться для комплексной терапии ШЛУ туберкулеза (например, блокаторы MtrA + лекарства, к которым туберкулез после приобретет чувствительность?). Подключаем биологическую эрудицию!!!

Дано
Последовательность ДНК M.tuberculosis (все гены лежат на одной «хромосоме»)
Последовательности белков
Заданы мотивы
Найти:
1) Список генов, которые регулируются MtrA.
2) Сделать вывод, важны ли эти гены как регуляторы устойчивости к лекарствам
3) Сделать вывод, подходит ли MtrA в качестве мишени для лекарственной терапии, открывающей доступ к лечению туберкулеза известными лекарствами
4)* Как должен действовать лекарственный препарат на MtrA исходя из данных о влиянии концентрации MtrA на связывание с разными мотивами и имеющейся у нас информации о мотивах перед интересующими нами генами? Иными словами, должно ли потенциальное лекарство подавлять MtrA полностью или частично?

Удачи!

Подсказка-1
Найти гены, соответствующие белкам.
Проверить их на наличие заданных мотивов
Отбираем важные белки, проверяем тип мотива (основной вариант мотива, или нет)
Делаем вывод, исходя из набора генов, на которые влияет MtrA и типа мотивов перед ними, будет ли положительный эффект в аспекте лек. устойчивости при подавлении MtrA

Подсказка-2. Механизмы действия противотуберкулезных препаратов