Нуклеотидные последовательности (номенклатура, правила записи и чтения)

Нуклеиновые кислоты - линейные гетерополимеры нуклеотидов
Повторяем...

Азотистое основание цитозин
Нуклеозид цитидин
Нуклеотид цитидинмонофосфат (ЦМФ)
1

9

Аденозин-5'-монофосфат (АМФ),
Аденозин-5'-дифосфат (АДФ),
Аденозин-5'-трифосфат (АТФ)

Номенклатура стандартных азотистых оснований, нуклеозидов и нуклеотидов

ДНК
Повторяем:
фосфодиэфирные связи,
сахарофосфатный остов,
антипараллельные цепи,
3'- и 5'- конец,
канонические пары.

Разработка эффективных методов секвенирования привела к быстрому росту известных последовательностей

Как записывают последовательности нуклеиновых кислот ?
1. Последовательность = последовательность однобуквенных символов.
Никаких дефисов и обозначений фосфодиэфирных связей.
2. Одни и те же однобуквенные символы для последовательностей РНК и ДНК
(при записи РНК обычно ‘U’ ⇒ ‘T’ ).
Любая последовательность по умолчанию считается ДНК
(т.е. полимером 2'-дезоксирибонуклеотидов).
3. Одни и те же символы используются для обозначения азотистых оснований,
нуклеозидов и нуклеотидов
Допустимы заглавные и строчные буквы, хотя рекомендованы заглавные.
4. Последовательность записывается в направлении 5'→3'
Пример:
5'-CTCGAC-3'
Nomenclature Committee of the International Union of Biochemistry (NC-IUB)
Nomenclature for incompletely specified bases in nucleic acid sequences
Recommendations 1984
Biochem. J. (1985) 229, 281-286

1 ----TGGtACAGCATTTGCA
2 ----TGGCACAGCcTTcGCA
3 ----TGGCAttaGcTTTGCA
4 ----TGGCACgatAgTcGCA
5 ----TGGCACAGGcTgTGCt
6 ----TGGCACAGatTTcGCt
7 ----TGGtACAaGAccTGCA
8 ----TGGCACgattTTTtCA
9 ----TGGCAagcaAaTTGCA
10 ----gGGCgCAGCcTTcGCA
11 ----TGGtAtcGCAaTTGCt
12 ----TGGagCgcGAaTTGCA
13 ----TGGtAtgttcccTGCA
CONSENSUS.......TGGCACrrsmtTTGCA

Общепринятые однобуквенные обозначения
для стандартных азотистых оснований (остатков нуклеозидов и нуклеотидов)
и вырожденных позиций в выравниваниях нуклеиновых кислот

~2 500 000
последовательностей
компьютерный поиск гена, трансляция и компьютерная аннотация
UniRef
(UniProt
non-redundant
Reference
databases)
UniParc
(UniProt Archive)
~200 000 последовательностей
Экспертиза
Базы данных
научной литературы