в качестве научного сотрудника в институт письменности и языкознания Академии Наук СССР.
В 1941, несмотря на уговоры эвакуироваться, принял решение остаться в столице и продолжить преподавание. Не изменил своему решению до самой Победы – 1945 года. Семья тяжелое военное время жила у родственников в Ташкенте.
В 1952 под покровительством Сергея Ивановича был основан отдел культуры речи при Институте родного языка, он стал первым заведующим.
В этот период пристальное внимание ученый уделял стилю, лексикографии и биографиям таких выдающихся писателей, как Иван Андреевич Крылов, Александр Николаевич Островский, Плавильщиков Петр Алексеевич.
Занимался активной редакторской деятельностью.
В 1955 была издан труд «Русское литературное произношение и ударение».
В 1956 вышло пятое издание «Орфографического словаря русского языка».
В 1962 публикуется «Правильность русской речи».