Гомологичные последовательности – последовательности, имеющие общее происхождение (общего предка). Признаки гомологичности белк

Гомологичные последовательности – последовательности, имеющие общее происхождение (общего предка).
Признаки гомологичности белков
сходная 3D-структура
в той или иной степени похожая аминокислотная последовательность
разные другие соображения…

Гомологи
Ортологи Паралоги Ксенологи ?
(W.M.Fitch, Syst.Zool.19,99(1970)

Ортологи — последовательности, возникшие из одного общего предшественника в процессе видообразования. Ортологи, как правило, имеют одну и ту же функцию
Паралоги — последовательности, возникшие из одного общего предшественника в результате дупликации одного гена в одном организме. Паралоги, как правило, имеют разные функции.

Гэп – пропуск в
последовательности
Задача выравнивания = задача поиска сходства. Сходство — не то же, что гомология!

«Идеальное» выравнивание – запись последовательностей одна под другой так, чтобы гомологичные фрагменты оказались друг под другом.
домовой
скупидом
водомерка ?
лесовоз ---лесо---воз
ледоход лед---оход---
?
Гэп – пропуск в
последовательности

Схожие 3D структуры
Вставка в «синей» последовательности

Мутации,
рекомбинация, ….
?

Точечные мутации
“Молчащая”
Замена остатка
Терминация
ATA TGT ATA AAG GCA AAC TCC TGT TAA AC
Ile Cys Ile Lys Ala Asn Ser Cys Stop
x
Сдвиг рамки

Конверсия гена:
“Non-reciprocal recombination“
Рекомбинация
Кроссинговер:
“Reciprocal recombination“
2:2
3:1

25 белков
9 белков
2 белка
12 белков
223 белка
243 белка
507 белков
ЕС 2.5.1.15
ЕС 4.1.2.25
ЕС 2.7.6.3
Домены и многодоменные белки

Домен – единица эволюции, структуры
и функции белков.
Домен – компактная, относительно
независимо сворачивающаяся структура,
относительно консервативная в процессе
эволюции.
Белок может состоять из одного или
многих доменов.

Бывает и такое….
(пример структурного выравнивания)