Tough Protein Enhancer

Составные части проекта
Загрузка данных из файла формата “Protein Data Bank”
Обработка информации
Реализация докинга
Визуализация, оконная система

Общий ход работы

Формат хранения протеинов
Формат “Protein Data Bank” :
Достоинства:
- Существование больших баз протеинов
- Большое распространение
Недостатки:
- Большой объем памяти компьютера
- Отсутствие некоторых данных
- Наличие множества версий формата
Формат “TPE”:
- Отсутствие недостатков формата “PDB”

Формат хранения протеинов

Реализация докинга
Первый этап – случайное расположение молекулы лиганда(таблетки) на поверхности биомишени(протеина).
Второй этап – расчет потенциальной энергии взаимодействия комплекса.
Цель – минимизировать энергию взаимодействия.

Расчет энергии взаимодействия
Энергия электростатического взаимодействия
Энергия Ван-дер-Ваальса
Лиганд
Биомишень

Генетический алгоритм
Размер ячейки
Вершина решетки
Пробный атом
Сложность алгоритма:

Визуализация
Система вывода
Система примитивов
Система освещения
Текстурный менеджер
Система вывода прозрачных объектов
Низкий уровень
Оконная система
Высокий уровень – взаимодействие с пользователем

Визуализация
Примеры примитивов

Визуализация
Оконная система