АМИНОКИСЛОТЫ

АМИНОКИСЛОТЫ

Стереохимия аминокислот
L - изомер D - изомер

Аминокислоты с неполярными боковыми группами R
Gly
G

Аминокислоты с неполярными боковыми группами R
Ala
A
Phe
F
незаменимая
н

Аминокислоты с неполярными боковыми группами R
Val
V
Leu
L
Ile
I
незаменимая
н
незаменимая
н
незаменимая
н

Аминокислоты с неполярными боковыми группами R
Met
M
Pro
P
Trp
W
незаменимая
н
незаменимая
н

Аминокислоты с полярными нейтральными боковыми группами R
Asn
N
Gln
Q

Аминокислоты с полярными нейтральными боковыми группами R
Ser
S
Cys
C

Аминокислоты с полярными нейтральными боковыми группами R
Thr
T
Tyr
Y
незаменимая
н

Аминокислоты с кислотными боковыми группами R
Asp
D
Glu
E

Аминокислоты с основными боковыми группами R
Arg
R
His
H

Аминокислоты с основными боковыми группами
Lys
K
незаменимая
н

Пептиды (греч. πεπτος — питательный) — семейство веществ, молекулы которых построены из остатков α-аминокислот, соединённых в цепь
ПЕПТИДНЫМИ (АМИДНЫМИ) СВЯЗЯМИ
—C(O)NH—.
Это природные или синтетические соединения,
содержащие десятки, сотни или тысячи
мономерных звеньев – аминокислот.
Простые пептиды содержат до 10 аминокислот.
Олигопептиды состоят из 10-50 аминокислот.
Полипептиды состоят из сотен аминокислот.

ПЕПТИДНАЯ СВЯЗЬ

В пептидной связи за счет резонанса канонических структур связь C-N между углеродом карбонильной группы и атомом азота частично имеет характер двойной

Пептидная связь представляет собой связь, с длиной 1,32А, вращение вокруг нее невозможно.
6 атомов, расположенных рядом с пептидной связью (2Сα, О, N, H), находятся в одной плоскости.
Пептидную связь можно рассматривать как диполь, поскольку на карбонильном кислороде есть δ−, а на N – δ+.

Пептиды классифицируются в соответствии с числом аминокислотных остатков в цепи: дипептиды, трипептиды, тетрапептиды и т.д. Аминокислота со свободной аминогруппой записывается с левой стороны и называется
N-концевой аминокислотой, а аминокислота со свободной карбоксильной группой располагается в правой части формулы пептида и называется C-концевой аминокислотой. Пептиды называют как производные С-концевой аминокислоты. При этом первой пишут название N-концевой аминокислоты с суффиксом -ил, затем таким же образом перечисляют всю последовательность аминокислот пептидной цепи и в последнюю очередь называют С-концевую аминокислоту с суффиксом -ин. Таким образом, названия всех изомерных пептидов отличаются, даже если использовать только трехбуквенные обозначения аминокислот (см. часть 1. Аминокислоты). Число изомерных пептидов (N) можно определить по формуле:
n - количество аминокислотных остатков в цепи;
m - количество одинаковых аминокислот в цепи

Primary

α-спираль

Secondary

β-складчатый лист" - плоскости пептидных связей расположены в пространстве подобно равномерным складкам листа бумаги.
B складчатых структурах также образуются поперечные
межцепочечные водородные связи.
Если цепи ориентированы в противоположных направлениях, структура называется антипараллельным складчатым листом (βα),
а если цепи ориентированы в одном направлении,
структура называется параллельным складчатым листом (βn).
В складчатых структурах α-С-атомы располагаются на перегибах, а боковые цепи ориентированы
почти перпендикулярно средней плоскости листа, попеременно вверх и вниз.
Энергетически более предпочтительной оказывается βα-складчатая структура с почти линейными H-мостиками.
В растянутых складчатых листах отдельные цепи чаще всего не параллельны,
а несколько изогнуты относительно друг друга.

β-складчатая структура
(антипараллельная)

β-параллельный
складчатый лист

Поперечные дисульфидные мостики
Cys
C

Tertiary

Quaternary

МЕТОД ЭДМАНА
Метод Эдмана (метод ступенчатой деструкции, 1950 г.)
К аминогруппе Ν-концевой α-аминокислоты присоединяют фенилизотиоцианат (ФИТЦ),
каждый цикл деградации включает в себя 3 стадии:
1) образование фенилтиокарбамоилпептида (ФТК);
2) отщепление Ν-концевого остатка аминокислоты в виде тиазолинона;
3) изомеризация тиазолинона в фенилтиогидантоин (ФТГ) и идентификация его.

МЕТОД ЭДМАНА

МЕТОД ЭДМАНА

МЕТОД ЭДМАНА

МЕТОД ЭДМАНА

МЕТОД ЭДМАНА

МЕТОД ЭДМАНА

МЕТОД Грея и Хартли (дансильный метод)

Метод Сэнгера (F. Sanger)
основан на реакции арилирования полипептида
2,4-динитрофторбензолом (ДНФБ),
что приводит
к образованию окрашенного в желтый цвет
2,4-динитрофенильного производного
N-концевой аминокислоты .
Раствор полипептида обрабатывают ДНФБ,
который взаимодействует со свободной
NH2-группой N-концевой аминокислоты пептида.

Метод Сэнгера

Метод Сэнгера

Метод Сэнгера

МЕТОД АКАБОРИ
гидразинолиз

МЕТОД АКАБОРИ

МЕТОД АКАБОРИ

МЕТОД АКАБОРИ

Метод Матсуо (оксазалоновый метод, метод тритиевой метки)