Гомологичные последовательности – последовательности, имеющие общее происхождение (общего предка). Признаки гомологичности белк

Гомологичные последовательности – последовательности, имеющие общее происхождение (общего предка).
Признаки гомологичности белков
сходная 3D-структура
в той или иной степени похожая аминокислотная последовательность
разные другие соображения…

Гомологи
Ортологи Паралоги Ксенологи ?
(W.M.Fitch, Syst.Zool.19,99(1970)

Ортологи - последовательности, возникшие из одного общего предшественника в процессе видообразования. Ортологи, как правило, имеют одну и ту же функцию
Паралоги - последовательности, возникшие из одного общего предшественника в результате дупликации одного гена в одном организме. Паралоги, как правило, имеют разные функции.

«Идеальное» выравнивание – запись последовательностей одна под другой так, чтобы гомологичные фрагменты оказались друг под другом.
Дом
Скупидом
Водомерка ?
Домов---ой Домов-----ой
Домо-строй Домо-строй
Задача выравнивания = задача поиска сходства. Сходство ≠ гомология
?
Гэп – пропуск в
последовательности

Гэп – пропуск в
последовательности
Как получить «оптимальное» выравнивание?
Один из способов:

Мутации,
рекомбинация, ….
?

Example: point mutations
Silent mutation
Amino acid change
Termination
x
Frame shift

Domain insertion: “Mosaic proteins”
Structural modules:
plasminogen kringle domain
EGF domain
fibronectin finger domain
vit. K-dependent calcium-binding domain (osteocalcin)
tissue plasminogen activator
urokinase
prothrombin
plasminogen
Domain origins:
trypsin-like serine protease
Mosaic proteins
fibronectin
epidermal growth factor (EGF)

Домен – единица
эволюции, структуры и функции белков.
Домен – компактная, относительно
независимо сворачивающаяся структура,
относительно консервативная в процессе
эволюции.
Белки могут состоять из одного или
многих доменов.

Бывает и такое….
(пример структурного выравнивания)