Отчет о прохождении учебной практики, научно-исследовательской работы
Ознакомление с основными направлениями исследований Отдела системной биологии ИЦиГ СО РАН, включая анализ сетей белок- белковых взаимодействий, анализ динамических биологических сетей, анализ суточной динамики биологических процессов, изучение объекта исследования (сети белок белковых взаимодействий). Составление аналитического обзора по информационным источникам и базам данных по белок-белковым взаимодействиям и экспрессионным данным, форматам представления данных и методам доступа к ним, методам анализа такого типа данных и программному обеспечению. Выбор и обоснование методик и средств решения поставленной задачи. Освоение программного обеспечения и библиотек для доступа к биоинформационным данным по белок белковым взаимодействиям, экспрессионным данным, а также методов и программного обеспечения по анализу такого типа данных . Цели Выполнить аналитический перевод: Bajpai AK, Davuluri S, Tiwary K, Narayanan S, Oguru S, Basavaraju K, Dayalan D, Thirumurugan K, Acharya KK. Systematic comparison of the protein-protein interaction databases from a user's perspective. J Biomed Inform. 2020 Mar;103:103380. doi: 10.1016/j.jbi.2020.103380. Epub 2020 Jan 28. PMID: 32001390. Zahiri J, Emamjomeh A, Bagheri S, Ivazeh A, Mahdevar G, Sepasi Tehrani H, Mirzaie M, Fakheri BA, Mohammad-Noori M. Protein complex prediction: A survey. Genomics. 2020 Jan;112(1):174-183. doi: 10.1016/j.ygeno.2019.01.011. Epub 2019 Jan 17. PMID: 30660789. Скачать данные по мышам из баз данных STRING, IntAct, mentha, APID, MINT, IID. Скачать базу CORUM по белковым комплексам. Скачать в базе IntAct базу по белковым комплексам. Установить Cytoscape, изучить основные функции. Установить и научиться применять плагины для Cytoscape по прогнозированию белковых комплексов. Задачи