Анализ белковых последовательностей: Swiss-Prot

UniProt DB
UniProt = Swiss-Prot + TrEMBL (Translated EMBL sequence database)
TrEMBL – Release 39.2 - 6534543 sequences

Поиск белка в Swiss-Prot
(по названию)

Advances search

Результаты

Выборка гомологичных белков

Сохранить в FASTA формате

Стандартная запись Swiss-Prot

Стандартные поля: entry, name, origin
Название записи, уникальный идентификатор (ID), предыдущие идентификаторы соответствующей записи, даты первой и последней модификаций, распространенное название белка и его синонимы (EC номер для ферментов), название гена, организм и его таксономия, уровень подтверждения

NiceZyme (ферменты)

Taxonomy Browser

Ссылки на статьи, использованные для аннотации

Комментарии

Продолжение

Возможные разделы Комментариев

Cross-References

Cross-References
регистрация

3D-Structure (список структур)

Reactome

Полиморфизмы

2D GEL
+ курсор

Cross-References

GO terms
Определение термина, синонимы, родительские (Hierarchy) и дочерние термины, ключевые слова, дата последней модификации

Cross-References, Keywords

KEGG

KEGG (pathway viewer)

DrugBank

Keywords

Словарь ключевых слов

Feature Table

Координаты в Feature table

Feature table, продолжение

Feature Table, продолжение
Только экспериментальные

Feature Table viewer
(Sequence Element viewer)

Feature aligner
Можно построить множественное выравнивание подмножества этих элементов (ClustalW) или скопировать их в FASTA формате

Sequence

Sequence, продолжение

FASTA format
Программа FASTA (1988, WR Pearson & DJ Lipman):
>(the definition line)_уникальный_ID + короткое описание
ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЬ БЕЛКА (ИЛИ ДНК) В ОДНОБУКВЕННОМ КОДЕ
RAW format – без definition line