Фармакологический кружок. Вводная лекция

Вопросы:
Какую научную работу написать?
А что будет на кружке?

Наука

Секция устных докладов
Секция мультимедийных постеров
Реферативный доклад
Drug discovery pipeline
Клинические
Теоретические

Клинические работы

Классическая работа
Идея: Сравнение методов лечения.
Препарат vs. Другой препарат,
Препарат vs. Комбинация препаратов,
Препарат vs. Немедикаментозный метод лечения.

Этапы:
1. Сбор данных (Данные историй болезни, опрос пациентов)
2. Обработка данных: разбиваем пациентов на две группы, считаем описательные статистики, проверяем на нормальность.
3. Анализ данных: считаем средние значения сравниваемых показателей, подтверждаем наличие/отсутствие различий (t-критерий Стьюдента, U-критерий Манна — Уитни)
4. Делаем выводы.
VS

Модели машинного обучения
Классификация
Регрессия

Независимые переменные
Зависимая

Этапы:
1. Сбор данных (Данные историй болезни, опрос пациентов)
2. Обработка данных: разбиваем данные на две части – тренировочную и тестовую.
3. На тренировочных данных обучаем модель.
4. На тестовых данных предсказываем значение зависимой переменной.
5. Оцениваем эффективность модели, делаем выводы.

Теоретические работы

Теоретические работы
Систематический обзор с выполнением мета-анализа
In silico drug design

Мета-анализ

Систематический обзор с выполнением мета-анализа
Этапы:
1. Поиск и отбор статей по проблеме обзора
2. Отбор наиболее подходящих статей для включения в обзор
3. Выполнение мета-анализа
4. Оценка риска предвзятости (ROB 2.0)
5. Оценка качества доказательств (GRADE)
6. Выводы, оформление обзора

In silico drug design
Модели машинного обучения
Проект кружка

Модели машинного обучения
QSAR = Q + SAR
SAR = structure–activity relationship
Q = Quantitative

Кружок

Ligand
Target
Ligand based
Target based
Ligand + Target based

Выбираем “target” и “ligand”
Строим модель фармакофора
Отбираем молекулы, которые в большей степени подходят под структуру фармакофора
Фильтруем молекулы по ADME свойствам и токсичности
Молекулярный докинг

Находим свою мишень “Target”
Therapeutic Target Database
PDB

Chembl DB
Мой скрипт
TTD_mod
MEGA/TTD_mod

PDB (https://www.rcsb.org/)
UniProt (https://www.uniprot.org/)
ChEMBL (https://www.ebi.ac.uk/chembl/)

SMILES ☺
Simplified molecular-input line-entry system
(Упрощенная система молекулярного ввода-вывода)

+